Last updated on 2025-12-08 11:50:40 CET.
| Flavor | Version | Tinstall | Tcheck | Ttotal | Status | Flags |
|---|---|---|---|---|---|---|
| r-devel-linux-x86_64-debian-clang | 0.2.12 | 22.81 | 1089.55 | 1112.36 | OK | |
| r-devel-linux-x86_64-debian-gcc | 0.2.12 | 15.44 | 672.36 | 687.80 | OK | |
| r-devel-linux-x86_64-fedora-clang | 0.2.12 | 57.00 | 397.20 | 454.20 | ERROR | |
| r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc | 0.2.12 | 108.00 | 1758.96 | 1866.96 | OK | |
| r-devel-windows-x86_64 | 0.2.12 | 26.00 | 567.00 | 593.00 | OK | |
| r-patched-linux-x86_64 | 0.2.12 | 25.00 | 1018.44 | 1043.44 | OK | |
| r-release-linux-x86_64 | 0.2.12 | 22.81 | 1031.66 | 1054.47 | OK | |
| r-release-macos-arm64 | 0.2.12 | OK | ||||
| r-release-macos-x86_64 | 0.2.12 | 17.00 | 380.00 | 397.00 | OK | |
| r-release-windows-x86_64 | 0.2.12 | 26.00 | 572.00 | 598.00 | OK | |
| r-oldrel-macos-arm64 | 0.2.12 | OK | ||||
| r-oldrel-macos-x86_64 | 0.2.12 | 18.00 | 402.00 | 420.00 | OK | |
| r-oldrel-windows-x86_64 | 0.2.12 | 36.00 | 795.00 | 831.00 | OK |
Version: 0.2.12
Check: examples
Result: ERROR
Running examples in ‘chevron-Ex.R’ failed
The error most likely occurred in:
> ### Name: ael01_nollt_main
> ### Title: 'AEL01_NOLLT' Listing 1 (Default) Glossary of Preferred Terms
> ### and Investigator-Specified Terms.
> ### Aliases: ael01_nollt_main ael01_nollt_pre ael01_nollt
> ### Keywords: datasets
>
> ### ** Examples
>
> run(ael01_nollt, syn_data)
Error in h(simpleError(msg, call)) :
error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'toString': 'arg' must be of length 1
Calls: <Anonymous> ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous>
Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-fedora-clang
Version: 0.2.12
Check: tests
Result: ERROR
Running ‘testthat.R’ [164s/175s]
Running the tests in ‘tests/testthat.R’ failed.
Complete output:
> # This file is part of the standard setup for testthat.
> # It is recommended that you do not modify it.
> #
> # Where should you do additional test configuration?
> # Learn more about the roles of various files in:
> # * https://r-pkgs.org/tests.html
> # * https://testthat.r-lib.org/reference/test_package.html#special-files
>
> library(testthat)
> library(checkmate)
> library(chevron)
>
> test_check("chevron")
Saving _problems/test-ael01_nollt-7.R
Saving _problems/test-ael01_nollt-21.R
Saving _problems/test-ael01_nollt-35.R
Saving _problems/test-ael01_nollt-51.R
Saving _problems/test-ael01_nollt-67.R
Saving _problems/test-ael01_nollt-86.R
Saving _problems/test-ael02-9.R
Saving _problems/test-ael02-24.R
Saving _problems/test-ael02-39.R
Saving _problems/test-ael03-9.R
Saving _problems/test-ael03-25.R
Saving _problems/test-ael03-39.R
Saving _problems/test-aet02-30.R
Saving _problems/test-cfbt01-6.R
Saving _problems/test-chevron_tlg-methods-16.R
Saving _problems/test-cml02a_gl-5.R
Saving _problems/test-cml02a_gl-13.R
Saving _problems/test-cml02a_gl-24.R
Saving _problems/test-cmt01a-5.R
Saving _problems/test-cmt01a-18.R
Saving _problems/test-default_tlg-5.R
Saving _problems/test-default_tlg-10.R
Saving _problems/test-default_tlg-17.R
Saving _problems/test-default_tlg-24.R
Saving _problems/test-default_tlg-31.R
Saving _problems/test-default_tlg-38.R
Saving _problems/test-default_tlg-45.R
Saving _problems/test-default_tlg-52.R
Saving _problems/test-default_tlg-59.R
Saving _problems/test-default_tlg-66.R
Saving _problems/test-default_tlg-76.R
Saving _problems/test-default_tlg-84.R
Saving _problems/test-default_tlg-91.R
Saving _problems/test-default_tlg-98.R
Saving _problems/test-default_tlg-105.R
Saving _problems/test-dtht01-30.R
Saving _problems/test-egt01-5.R
Saving _problems/test-egt02-5.R
Saving _problems/test-egt02-13.R
Saving _problems/test-egt03-5.R
Saving _problems/test-egt05_qtcat-5.R
Saving _problems/test-empty_report-19.R
Saving _problems/test-ext01-5.R
Saving _problems/test-ext01-14.R
Saving _problems/test-ext01-38.R
Saving _problems/test-ext01-50.R
Saving _problems/test-ext01-60.R
Saving _problems/test-ext01-72.R
Saving _problems/test-ext01-78.R
Saving _problems/test-lbt01-9.R
Saving _problems/test-lbt01-19.R
Saving _problems/test-lbt04-5.R
Saving _problems/test-lbt04-21.R
Saving _problems/test-lbt05-5.R
Saving _problems/test-lbt05-22.R
Saving _problems/test-lbt06-9.R
Saving _problems/test-lbt06-19.R
Saving _problems/test-lbt07-5.R
Saving _problems/test-lbt14-9.R
Saving _problems/test-lbt14-17.R
Saving _problems/test-lbt14-25.R
Saving _problems/test-lbt14-33.R
Saving _problems/test-lbt14-74.R
Saving _problems/test-lbt14-130.R
Saving _problems/test-lbt15-5.R
Saving _problems/test-mht01-5.R
Saving _problems/test-mht01-15.R
Saving _problems/test-mht01-22.R
Saving _problems/test-mht01-29.R
Saving _problems/test-mng01-6.R
Saving _problems/test-mng01-30.R
Saving _problems/test-mng01-63.R
Saving _problems/test-mng01-85.R
Saving _problems/test-mng01-118.R
Saving _problems/test-mng01-139.R
Saving _problems/test-mng01-158.R
Saving _problems/test-pdt01-5.R
Saving _problems/test-pdt02-5.R
Saving _problems/test-report_null-10.R
Saving _problems/test-rmpt01-5.R
Saving _problems/test-rmpt03-8.R
Saving _problems/test-rmpt04-5.R
Saving _problems/test-rmpt05-5.R
Saving _problems/test-rmpt06-6.R
Saving _problems/test-rmpt06-15.R
Saving _problems/test-utils-76.R
Saving _problems/test-vst01-9.R
Saving _problems/test-vst02-5.R
Saving _problems/test-vst02-13.R
[ FAIL 198 | WARN 0 | SKIP 10 | PASS 208 ]
══ Skipped tests (10) ══════════════════════════════════════════════════════════
• !interactive() is TRUE (1): 'test-chevron_tlg-methods.R:287:3'
• On CRAN (9): 'test-chevron_tlg-methods.R:102:1',
'test-chevron_tlg-methods.R:120:1', 'test-chevron_tlg-methods.R:333:1',
'test-chevron_tlg-methods.R:337:1', 'test-mng01.R:97:1', 'test-unwrap.R:1:1',
'test-unwrap.R:40:1', 'test-unwrap.R:69:1', 'test-unwrap.R:104:1'
══ Failed tests ════════════════════════════════════════════════════════════════
── Error ('test-ael01_nollt.R:7:3'): ael01_nollt works with admh dataset ───────
Error in `obj_round_type(x)`: got a list that doesn't appear to contain (only) tables or listings
Backtrace:
▆
1. ├─base::cat(export_as_txt(res, lpp = 100))
2. └─formatters::export_as_txt(res, lpp = 100)
3. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
4. │ ├─formatters::matrix_form(...)
5. │ └─rlistings::matrix_form(...)
6. │ └─rlistings (local) .local(...)
7. │ └─base::vapply(...)
8. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
9. │ └─base::match.arg(round_type)
10. ├─formatters::obj_round_type(x)
11. └─formatters::obj_round_type(x)
── Error ('test-ael01_nollt.R:21:3'): ael01_nollt works with non-default label ──
Error in `obj_round_type(x)`: got a list that doesn't appear to contain (only) tables or listings
Backtrace:
▆
1. ├─base::cat(export_as_txt(res, lpp = 100))
2. └─formatters::export_as_txt(res, lpp = 100)
3. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
4. │ ├─formatters::matrix_form(...)
5. │ └─rlistings::matrix_form(...)
6. │ └─rlistings (local) .local(...)
7. │ └─base::vapply(...)
8. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
9. │ └─base::match.arg(round_type)
10. ├─formatters::obj_round_type(x)
11. └─formatters::obj_round_type(x)
── Error ('test-ael01_nollt.R:35:3'): ael01_nollt can handle all missing values ──
Error in `obj_round_type(x)`: got a list that doesn't appear to contain (only) tables or listings
Backtrace:
▆
1. ├─base::cat(export_as_txt(res, lpp = 100))
2. └─formatters::export_as_txt(res, lpp = 100)
3. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
4. │ ├─formatters::matrix_form(...)
5. │ └─rlistings::matrix_form(...)
6. │ └─rlistings (local) .local(...)
7. │ └─base::vapply(...)
8. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
9. │ └─base::match.arg(round_type)
10. ├─formatters::obj_round_type(x)
11. └─formatters::obj_round_type(x)
── Error ('test-ael01_nollt.R:51:3'): ael01_nollt can handle some missing values ──
Error in `obj_round_type(x)`: got a list that doesn't appear to contain (only) tables or listings
Backtrace:
▆
1. ├─base::cat(export_as_txt(res, lpp = 100))
2. └─formatters::export_as_txt(res, lpp = 100)
3. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
4. │ ├─formatters::matrix_form(...)
5. │ └─rlistings::matrix_form(...)
6. │ └─rlistings (local) .local(...)
7. │ └─base::vapply(...)
8. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
9. │ └─base::match.arg(round_type)
10. ├─formatters::obj_round_type(x)
11. └─formatters::obj_round_type(x)
── Error ('test-ael01_nollt.R:67:3'): ael01_nollt listing can be split by an additional variable ──
Error in `obj_round_type(obj[[1]])`: got a list that doesn't appear to contain (only) tables or listings
Backtrace:
▆
1. ├─base::cat(export_as_txt(res, lpp = 100))
2. └─formatters::export_as_txt(res, lpp = 100)
3. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
4. │ ├─base::unlist(...)
5. │ └─base::lapply(...)
6. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
7. │ └─base::eval(cur_call, envir = parent.frame(3L))
8. │ └─base::eval(cur_call, envir = parent.frame(3L))
9. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
10. │ ├─formatters::matrix_form(...)
11. │ └─rlistings::matrix_form(...)
12. │ └─rlistings (local) .local(...)
13. │ └─base::vapply(...)
14. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
15. │ └─base::match.arg(round_type)
16. ├─formatters::obj_round_type(x)
17. └─formatters::obj_round_type(x)
18. ├─formatters::obj_round_type(obj[[1]])
19. └─formatters::obj_round_type(obj[[1]])
── Error ('test-ael01_nollt.R:86:3'): split ael01_nollt listing do not display missing values ──
Error in `obj_round_type(obj[[1]])`: got a list that doesn't appear to contain (only) tables or listings
Backtrace:
▆
1. ├─base::cat(export_as_txt(res, lpp = 100))
2. └─formatters::export_as_txt(res, lpp = 100)
3. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
4. │ ├─base::unlist(...)
5. │ └─base::lapply(...)
6. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
7. │ └─base::eval(cur_call, envir = parent.frame(3L))
8. │ └─base::eval(cur_call, envir = parent.frame(3L))
9. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
10. │ ├─formatters::matrix_form(...)
11. │ └─rlistings::matrix_form(...)
12. │ └─rlistings (local) .local(...)
13. │ └─base::vapply(...)
14. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
15. │ └─base::match.arg(round_type)
16. ├─formatters::obj_round_type(x)
17. └─formatters::obj_round_type(x)
18. ├─formatters::obj_round_type(obj[[1]])
19. └─formatters::obj_round_type(obj[[1]])
── Error ('test-ael02.R:9:3'): ael02 works with adae dataset ───────────────────
Error in `obj_round_type(obj[[1]])`: got a list that doesn't appear to contain (only) tables or listings
Backtrace:
▆
1. ├─base::cat(export_as_txt(res, lpp = 100, cpp = 110))
2. └─formatters::export_as_txt(res, lpp = 100, cpp = 110)
3. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
4. │ ├─base::unlist(...)
5. │ └─base::lapply(...)
6. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
7. │ └─base::eval(cur_call, envir = parent.frame(3L))
8. │ └─base::eval(cur_call, envir = parent.frame(3L))
9. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
10. │ ├─formatters::matrix_form(...)
11. │ └─rlistings::matrix_form(...)
12. │ └─rlistings (local) .local(...)
13. │ └─base::vapply(...)
14. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
15. │ └─base::match.arg(round_type)
16. ├─formatters::obj_round_type(x)
17. └─formatters::obj_round_type(x)
18. ├─formatters::obj_round_type(obj[[1]])
19. └─formatters::obj_round_type(obj[[1]])
── Error ('test-ael02.R:24:3'): ael02 can handle all missing values ────────────
Error in `obj_round_type(x)`: got a list that doesn't appear to contain (only) tables or listings
Backtrace:
▆
1. ├─base::cat(export_as_txt(res[[1]][1:50, ], lpp = 100, cpp = 110))
2. └─formatters::export_as_txt(res[[1]][1:50, ], lpp = 100, cpp = 110)
3. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
4. │ ├─formatters::matrix_form(...)
5. │ └─rlistings::matrix_form(...)
6. │ └─rlistings (local) .local(...)
7. │ └─base::vapply(...)
8. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
9. │ └─base::match.arg(round_type)
10. ├─formatters::obj_round_type(x)
11. └─formatters::obj_round_type(x)
── Error ('test-ael02.R:39:3'): ael02 functions work as expected ───────────────
Error in `obj_round_type(obj[[1]])`: got a list that doesn't appear to contain (only) tables or listings
Backtrace:
▆
1. ├─base::cat(export_as_txt(res, lpp = 100, cpp = 110))
2. └─formatters::export_as_txt(res, lpp = 100, cpp = 110)
3. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
4. │ ├─base::unlist(...)
5. │ └─base::lapply(...)
6. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
7. │ └─base::eval(cur_call, envir = parent.frame(3L))
8. │ └─base::eval(cur_call, envir = parent.frame(3L))
9. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
10. │ ├─formatters::matrix_form(...)
11. │ └─rlistings::matrix_form(...)
12. │ └─rlistings (local) .local(...)
13. │ └─base::vapply(...)
14. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
15. │ └─base::match.arg(round_type)
16. ├─formatters::obj_round_type(x)
17. └─formatters::obj_round_type(x)
18. ├─formatters::obj_round_type(obj[[1]])
19. └─formatters::obj_round_type(obj[[1]])
── Error ('test-ael03.R:9:3'): ael03 works with adae dataset ───────────────────
Error in `obj_round_type(obj[[1]])`: got a list that doesn't appear to contain (only) tables or listings
Backtrace:
▆
1. ├─base::cat(export_as_txt(res, lpp = 100, cpp = 110))
2. └─formatters::export_as_txt(res, lpp = 100, cpp = 110)
3. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
4. │ ├─base::unlist(...)
5. │ └─base::lapply(...)
6. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
7. │ └─base::eval(cur_call, envir = parent.frame(3L))
8. │ └─base::eval(cur_call, envir = parent.frame(3L))
9. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
10. │ ├─formatters::matrix_form(...)
11. │ └─rlistings::matrix_form(...)
12. │ └─rlistings (local) .local(...)
13. │ └─base::vapply(...)
14. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
15. │ └─base::match.arg(round_type)
16. ├─formatters::obj_round_type(x)
17. └─formatters::obj_round_type(x)
18. ├─formatters::obj_round_type(obj[[1]])
19. └─formatters::obj_round_type(obj[[1]])
── Error ('test-ael03.R:25:3'): ael03 can handle all missing values ────────────
Error in `obj_round_type(x)`: got a list that doesn't appear to contain (only) tables or listings
Backtrace:
▆
1. ├─base::cat(export_as_txt(res[[1]][1:50, ], lpp = 100, cpp = 110))
2. └─formatters::export_as_txt(res[[1]][1:50, ], lpp = 100, cpp = 110)
3. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
4. │ ├─formatters::matrix_form(...)
5. │ └─rlistings::matrix_form(...)
6. │ └─rlistings (local) .local(...)
7. │ └─base::vapply(...)
8. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
9. │ └─base::match.arg(round_type)
10. ├─formatters::obj_round_type(x)
11. └─formatters::obj_round_type(x)
── Error ('test-ael03.R:39:3'): ael03 functions work as expected ───────────────
Error in `obj_round_type(obj[[1]])`: got a list that doesn't appear to contain (only) tables or listings
Backtrace:
▆
1. ├─base::cat(export_as_txt(res, lpp = 100, cpp = 110))
2. └─formatters::export_as_txt(res, lpp = 100, cpp = 110)
3. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
4. │ ├─base::unlist(...)
5. │ └─base::lapply(...)
6. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
7. │ └─base::eval(cur_call, envir = parent.frame(3L))
8. │ └─base::eval(cur_call, envir = parent.frame(3L))
9. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
10. │ ├─formatters::matrix_form(...)
11. │ └─rlistings::matrix_form(...)
12. │ └─rlistings (local) .local(...)
13. │ └─base::vapply(...)
14. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
15. │ └─base::match.arg(round_type)
16. ├─formatters::obj_round_type(x)
17. └─formatters::obj_round_type(x)
18. ├─formatters::obj_round_type(obj[[1]])
19. └─formatters::obj_round_type(obj[[1]])
── Error ('test-aet01.R:11:3'): aet01 can handle all NA values ─────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(aet01, proc_data)) at test-aet01.R:11:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet01, proc_data)
10. ├─chevron::run(aet01, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. ├─base::rbind(...)
15. ├─base::rbind(...)
16. └─rtables::build_table(lyts$ae1, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
17. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
18. ├─formatters::make_row_df(tt)
19. └─rtables::make_row_df(tt)
20. └─rtables (local) .local(...)
21. ├─formatters::make_row_df(...)
22. └─rtables::make_row_df(...)
23. └─rtables (local) .local(...)
24. ├─formatters::pagdfrow(...)
25. │ └─base::data.frame(...)
26. ├─formatters::nlines(...)
27. └─rtables::nlines(...)
28. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
29. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
30. └─rtables::get_formatted_cells(x)
31. ├─base::matrix(...)
32. ├─base::unlist(...)
33. └─base::Map(...)
34. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
35. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
36. └─rtables::format_rcell(...)
37. └─formatters::format_value(...)
38. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet01.R:29:3'): aet01 can handle some NA values ────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(aet01, proc_data)) at test-aet01.R:29:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet01, proc_data)
10. ├─chevron::run(aet01, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. ├─base::rbind(...)
15. ├─base::rbind(...)
16. └─rtables::build_table(lyts$ae1, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
17. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
18. ├─formatters::make_row_df(tt)
19. └─rtables::make_row_df(tt)
20. └─rtables (local) .local(...)
21. ├─formatters::make_row_df(...)
22. └─rtables::make_row_df(...)
23. └─rtables (local) .local(...)
24. ├─formatters::pagdfrow(...)
25. │ └─base::data.frame(...)
26. ├─formatters::nlines(...)
27. └─rtables::nlines(...)
28. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
29. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
30. └─rtables::get_formatted_cells(x)
31. ├─base::matrix(...)
32. ├─base::unlist(...)
33. └─base::Map(...)
34. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
35. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
36. └─rtables::format_rcell(...)
37. └─formatters::format_value(...)
38. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet01.R:36:3'): aet01 can use custom anl_vars ──────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(aet01, proc_data, anl_vars = list(safety_var = "FATAL"))) at test-aet01.R:36:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet01, proc_data, anl_vars = list(safety_var = "FATAL"))
10. ├─chevron::run(aet01, proc_data, anl_vars = list(safety_var = "FATAL"))
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, anl_vars = anl_vars)
14. ├─base::rbind(...)
15. ├─base::rbind(...)
16. └─rtables::build_table(lyts$ae1, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
17. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
18. ├─formatters::make_row_df(tt)
19. └─rtables::make_row_df(tt)
20. └─rtables (local) .local(...)
21. ├─formatters::make_row_df(...)
22. └─rtables::make_row_df(...)
23. └─rtables (local) .local(...)
24. ├─formatters::pagdfrow(...)
25. │ └─base::data.frame(...)
26. ├─formatters::nlines(...)
27. └─rtables::nlines(...)
28. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
29. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
30. └─rtables::get_formatted_cells(x)
31. ├─base::matrix(...)
32. ├─base::unlist(...)
33. └─base::Map(...)
34. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
35. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
36. └─rtables::format_rcell(...)
37. └─formatters::format_value(...)
38. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet01.R:57:3'): aet01 can use custom medconcept_var ────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-aet01.R:57:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, anl_vars = anl_vars)
14. ├─base::rbind(...)
15. ├─base::rbind(...)
16. └─rtables::build_table(lyts$ae1, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
17. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
18. ├─formatters::make_row_df(tt)
19. └─rtables::make_row_df(tt)
20. └─rtables (local) .local(...)
21. ├─formatters::make_row_df(...)
22. └─rtables::make_row_df(...)
23. └─rtables (local) .local(...)
24. ├─formatters::pagdfrow(...)
25. │ └─base::data.frame(...)
26. ├─formatters::nlines(...)
27. └─rtables::nlines(...)
28. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
29. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
30. └─rtables::get_formatted_cells(x)
31. ├─base::matrix(...)
32. ├─base::unlist(...)
33. └─base::Map(...)
34. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
35. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
36. └─rtables::format_rcell(...)
37. └─formatters::format_value(...)
38. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet01.R:74:3'): aet01 can conditionally show the number of withdrawal ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-aet01.R:74:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet01, syn_data, arm_var = "ARM", show_wd = FALSE)
10. ├─chevron::run(aet01, syn_data, arm_var = "ARM", show_wd = FALSE)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, arm_var = arm_var, show_wd = show_wd)
14. ├─base::rbind(...)
15. ├─base::rbind(...)
16. └─rtables::build_table(lyts$ae1, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
17. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
18. ├─formatters::make_row_df(tt)
19. └─rtables::make_row_df(tt)
20. └─rtables (local) .local(...)
21. ├─formatters::make_row_df(...)
22. └─rtables::make_row_df(...)
23. └─rtables (local) .local(...)
24. ├─formatters::pagdfrow(...)
25. │ └─base::data.frame(...)
26. ├─formatters::nlines(...)
27. └─rtables::nlines(...)
28. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
29. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
30. └─rtables::get_formatted_cells(x)
31. ├─base::matrix(...)
32. ├─base::unlist(...)
33. └─base::Map(...)
34. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
35. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
36. └─rtables::format_rcell(...)
37. └─formatters::format_value(...)
38. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet01_aesi.R:16:3'): aet01_aesi can handle all NA values ───────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(aet01_aesi, proc_data)) at test-aet01_aesi.R:16:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet01_aesi, proc_data)
10. ├─chevron::run(aet01_aesi, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet01_aesi.R:30:3'): aet01_aesi can handle some NA values ──────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(aet01_aesi, proc_data)) at test-aet01_aesi.R:30:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet01_aesi, proc_data)
10. ├─chevron::run(aet01_aesi, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet01_aesi.R:37:3'): aet01_aesi works with `ALL` argument ──────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(aet01_aesi, proc_data, aesi_vars = c("ALL"))) at test-aet01_aesi.R:37:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet01_aesi, proc_data, aesi_vars = c("ALL"))
10. ├─chevron::run(aet01_aesi, proc_data, aesi_vars = c("ALL"))
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, aesi_vars = aesi_vars)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet02.R:25:3'): aet02 handle empty data input ──────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(aet02, proc_data)) at test-aet02.R:25:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet02, proc_data)
10. ├─chevron::run(aet02, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet02.R:30:3'): aet02 can have different levels of row_split ───
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─chevron::run(aet02, syn_data, row_split_var = NULL) at test-aet02.R:30:3
2. ├─chevron::run(aet02, syn_data, row_split_var = NULL)
3. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
4. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
5. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, row_split_var = row_split_var)
6. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
7. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
8. ├─formatters::make_row_df(tt)
9. └─rtables::make_row_df(tt)
10. └─rtables (local) .local(...)
11. ├─formatters::make_row_df(...)
12. └─rtables::make_row_df(...)
13. └─rtables (local) .local(...)
14. ├─formatters::make_row_df(...)
15. └─rtables::make_row_df(...)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::pagdfrow(...)
18. │ └─base::data.frame(...)
19. ├─formatters::nlines(...)
20. └─rtables::nlines(...)
21. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
22. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
23. └─rtables::get_formatted_cells(x)
24. ├─base::matrix(...)
25. ├─base::unlist(...)
26. └─base::Map(...)
27. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
28. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
29. └─rtables::format_rcell(...)
30. └─formatters::format_value(...)
31. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet03.R:9:3'): aet03 can handle NA values ──────────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(aet03, proc_data)) at test-aet03.R:9:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet03, proc_data)
10. ├─chevron::run(aet03, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet03.R:27:3'): aet03 can handle some NA values ────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(aet03, proc_data)) at test-aet03.R:27:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet03, proc_data)
10. ├─chevron::run(aet03, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet04.R:9:3'): aet04 can handle NA values ──────────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(aet04, proc_data)) at test-aet04.R:9:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet04, proc_data)
10. ├─chevron::run(aet04, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
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28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::pagdfrow(...)
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33. ├─formatters::nlines(...)
34. └─rtables::nlines(...)
35. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
36. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
37. └─rtables::get_formatted_cells(x)
38. ├─base::matrix(...)
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40. └─base::Map(...)
41. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
42. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
43. └─rtables::format_rcell(...)
44. └─formatters::format_value(...)
45. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet04.R:32:3'): aet04 can handle some NA values ────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(aet04, proc_data)) at test-aet04.R:32:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet04, proc_data)
10. ├─chevron::run(aet04, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::pagdfrow(...)
32. │ └─base::data.frame(...)
33. ├─formatters::nlines(...)
34. └─rtables::nlines(...)
35. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
36. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
37. └─rtables::get_formatted_cells(x)
38. ├─base::matrix(...)
39. ├─base::unlist(...)
40. └─base::Map(...)
41. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
42. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
43. └─rtables::format_rcell(...)
44. └─formatters::format_value(...)
45. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet05.R:6:3'): aet05 can handle NA values ──────────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(aet05, proc_data)) at test-aet05.R:6:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet05, proc_data)
10. ├─chevron::run(aet05, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
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31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet05.R:24:3'): aet05 can handle some NA values ────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(aet05, proc_data)) at test-aet05.R:24:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet05, proc_data)
10. ├─chevron::run(aet05, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
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30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet05_all.R:6:3'): aet05_all can handle NA values ──────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(aet05_all, proc_data)) at test-aet05_all.R:6:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet05_all, proc_data)
10. ├─chevron::run(aet05_all, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::pagdfrow(...)
29. │ └─base::data.frame(...)
30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet05_all.R:21:3'): aet05_all can handle some NA values ────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(aet05_all, proc_data)) at test-aet05_all.R:21:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet05_all, proc_data)
10. ├─chevron::run(aet05_all, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::pagdfrow(...)
29. │ └─base::data.frame(...)
30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet10.R:9:3'): aet10 can handle NA values ──────────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(aet10, proc_data)) at test-aet10.R:9:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet10, proc_data)
10. ├─chevron::run(aet10, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-aet10.R:24:3'): aet10 can handle some NA values ────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(aet10, proc_data)) at test-aet10.R:24:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet10, proc_data)
10. ├─chevron::run(aet10, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-cfbt01.R:6:3'): cfbt01 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::cfbt01_main(pre_data, dataset = "advs") at test-cfbt01.R:6:3
2. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-cfbt01.R:20:3'): cfbt01 can handle n = 0 and outputs NE instead of infs and NAs ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(cfbt01, proc_data, dataset = "advs")) at test-cfbt01.R:20:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(cfbt01, proc_data, dataset = "advs")
10. ├─chevron::run(cfbt01, proc_data, dataset = "advs")
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, dataset = dataset)
14. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::make_row_df(...)
32. └─rtables::make_row_df(...)
33. └─rtables (local) .local(...)
34. ├─formatters::pagdfrow(...)
35. │ └─base::data.frame(...)
36. ├─formatters::nlines(...)
37. └─rtables::nlines(...)
38. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
39. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
40. └─rtables::get_formatted_cells(x)
41. ├─base::matrix(...)
42. ├─base::unlist(...)
43. └─base::Map(...)
44. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
45. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
46. └─rtables::format_rcell(...)
47. └─formatters::format_value(...)
48. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-chevron_tlg-methods.R:7:3'): run works as expected for chevron_t object ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(res <- run(aet04, syn_adv, prune_0 = TRUE)) at test-chevron_tlg-methods.R:7:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(aet04, syn_adv, prune_0 = TRUE)
10. ├─chevron::run(aet04, syn_adv, prune_0 = TRUE)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, prune_0 = prune_0)
14. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::pagdfrow(...)
32. │ └─base::data.frame(...)
33. ├─formatters::nlines(...)
34. └─rtables::nlines(...)
35. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
36. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
37. └─rtables::get_formatted_cells(x)
38. ├─base::matrix(...)
39. ├─base::unlist(...)
40. └─base::Map(...)
41. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
42. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
43. └─rtables::format_rcell(...)
44. └─formatters::format_value(...)
45. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-chevron_tlg-methods.R:16:3'): run works as expected for chevron_t object when auto_pre = FALSE ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─chevron::run(dmt01, proc_data, auto_pre = FALSE) at test-chevron_tlg-methods.R:16:3
2. ├─chevron::run(dmt01, proc_data, auto_pre = FALSE)
3. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
4. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
5. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
6. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
7. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
8. ├─formatters::make_row_df(tt)
9. └─rtables::make_row_df(tt)
10. └─rtables (local) .local(...)
11. ├─formatters::make_row_df(...)
12. └─rtables::make_row_df(...)
13. └─rtables (local) .local(...)
14. ├─formatters::make_row_df(...)
15. └─rtables::make_row_df(...)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::pagdfrow(...)
18. │ └─base::data.frame(...)
19. ├─formatters::nlines(...)
20. └─rtables::nlines(...)
21. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
22. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
23. └─rtables::get_formatted_cells(x)
24. ├─base::matrix(...)
25. ├─base::unlist(...)
26. └─base::Map(...)
27. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
28. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
29. └─rtables::format_rcell(...)
30. └─formatters::format_value(...)
31. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-chevron_tlg-methods.R:22:3'): run works as expected with argument printed ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::capture_output(...) at test-chevron_tlg-methods.R:22:3
2. │ └─testthat::capture_output_lines(code, print, width = width)
3. │ └─testthat:::eval_with_output(code, print = print, width = width)
4. │ ├─withr::with_output_sink(path, withVisible(code))
5. │ │ └─base::force(code)
6. │ └─base::withVisible(code)
7. ├─chevron::run(...)
8. ├─chevron::run(...)
9. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
10. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
11. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, prune_0 = prune_0)
12. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
13. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
14. ├─formatters::make_row_df(tt)
15. └─rtables::make_row_df(tt)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::make_row_df(...)
18. └─rtables::make_row_df(...)
19. └─rtables (local) .local(...)
20. ├─formatters::make_row_df(...)
21. └─rtables::make_row_df(...)
22. └─rtables (local) .local(...)
23. ├─formatters::pagdfrow(...)
24. │ └─base::data.frame(...)
25. ├─formatters::nlines(...)
26. └─rtables::nlines(...)
27. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
28. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
29. └─rtables::get_formatted_cells(x)
30. ├─base::matrix(...)
31. ├─base::unlist(...)
32. └─base::Map(...)
33. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
34. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
35. └─rtables::format_rcell(...)
36. └─formatters::format_value(...)
37. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-chevron_tlg-methods.R:31:3'): run works as expected with argument printed if the user argument is complicated ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::capture_output(...) at test-chevron_tlg-methods.R:31:3
2. │ └─testthat::capture_output_lines(code, print, width = width)
3. │ └─testthat:::eval_with_output(code, print = print, width = width)
4. │ ├─withr::with_output_sink(path, withVisible(code))
5. │ │ └─base::force(code)
6. │ └─base::withVisible(code)
7. ├─chevron::run(...)
8. ├─chevron::run(...)
9. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
10. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
11. └─chevron (local) `<fn>`(...)
12. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
13. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
14. ├─formatters::make_row_df(tt)
15. └─rtables::make_row_df(tt)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::make_row_df(...)
18. └─rtables::make_row_df(...)
19. └─rtables (local) .local(...)
20. ├─formatters::make_row_df(...)
21. └─rtables::make_row_df(...)
22. └─rtables (local) .local(...)
23. ├─formatters::pagdfrow(...)
24. │ └─base::data.frame(...)
25. ├─formatters::nlines(...)
26. └─rtables::nlines(...)
27. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
28. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
29. └─rtables::get_formatted_cells(x)
30. ├─base::matrix(...)
31. ├─base::unlist(...)
32. └─base::Map(...)
33. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
34. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
35. └─rtables::format_rcell(...)
36. └─formatters::format_value(...)
37. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-chevron_tlg-methods.R:39:3'): run uses the argument passed through the ellipsis in priority ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::capture_output(...) at test-chevron_tlg-methods.R:39:3
2. │ └─testthat::capture_output_lines(code, print, width = width)
3. │ └─testthat:::eval_with_output(code, print = print, width = width)
4. │ ├─withr::with_output_sink(path, withVisible(code))
5. │ │ └─base::force(code)
6. │ └─base::withVisible(code)
7. ├─chevron::run(...)
8. ├─chevron::run(...)
9. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
10. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
11. └─chevron (local) `<fn>`(...)
12. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
13. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
14. ├─formatters::make_row_df(tt)
15. └─rtables::make_row_df(tt)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::make_row_df(...)
18. └─rtables::make_row_df(...)
19. └─rtables (local) .local(...)
20. ├─formatters::make_row_df(...)
21. └─rtables::make_row_df(...)
22. └─rtables (local) .local(...)
23. ├─formatters::pagdfrow(...)
24. │ └─base::data.frame(...)
25. ├─formatters::nlines(...)
26. └─rtables::nlines(...)
27. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
28. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
29. └─rtables::get_formatted_cells(x)
30. ├─base::matrix(...)
31. ├─base::unlist(...)
32. └─base::Map(...)
33. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
34. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
35. └─rtables::format_rcell(...)
36. └─formatters::format_value(...)
37. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-chevron_tlg-methods.R:57:3'): run works as expected with partial match argument ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::capture_output(...) at test-chevron_tlg-methods.R:57:3
2. │ └─testthat::capture_output_lines(code, print, width = width)
3. │ └─testthat:::eval_with_output(code, print = print, width = width)
4. │ ├─withr::with_output_sink(path, withVisible(code))
5. │ │ └─base::force(code)
6. │ └─base::withVisible(code)
7. ├─chevron::run(...)
8. ├─chevron::run(...)
9. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
10. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
11. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, prune_0 = prune_0, arm_var = arm_var)
12. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
13. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
14. ├─formatters::make_row_df(tt)
15. └─rtables::make_row_df(tt)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::make_row_df(...)
18. └─rtables::make_row_df(...)
19. └─rtables (local) .local(...)
20. ├─formatters::make_row_df(...)
21. └─rtables::make_row_df(...)
22. └─rtables (local) .local(...)
23. ├─formatters::pagdfrow(...)
24. │ └─base::data.frame(...)
25. ├─formatters::nlines(...)
26. └─rtables::nlines(...)
27. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
28. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
29. └─rtables::get_formatted_cells(x)
30. ├─base::matrix(...)
31. ├─base::unlist(...)
32. └─base::Map(...)
33. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
34. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
35. └─rtables::format_rcell(...)
36. └─formatters::format_value(...)
37. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-chevron_tlg-methods.R:66:3'): run displays the symbols when available ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::capture_output(...) at test-chevron_tlg-methods.R:66:3
2. │ └─testthat::capture_output_lines(code, print, width = width)
3. │ └─testthat:::eval_with_output(code, print = print, width = width)
4. │ ├─withr::with_output_sink(path, withVisible(code))
5. │ │ └─base::force(code)
6. │ └─base::withVisible(code)
7. ├─chevron::run(...)
8. ├─chevron::run(...)
9. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
10. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
11. └─chevron (local) `<fn>`(...)
12. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
13. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
14. ├─formatters::make_row_df(tt)
15. └─rtables::make_row_df(tt)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::make_row_df(...)
18. └─rtables::make_row_df(...)
19. └─rtables (local) .local(...)
20. ├─formatters::make_row_df(...)
21. └─rtables::make_row_df(...)
22. └─rtables (local) .local(...)
23. ├─formatters::pagdfrow(...)
24. │ └─base::data.frame(...)
25. ├─formatters::nlines(...)
26. └─rtables::nlines(...)
27. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
28. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
29. └─rtables::get_formatted_cells(x)
30. ├─base::matrix(...)
31. ├─base::unlist(...)
32. └─base::Map(...)
33. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
34. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
35. └─rtables::format_rcell(...)
36. └─formatters::format_value(...)
37. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-chevron_tlg-methods.R:84:3'): run print internal functions when unwrap is TRUE ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::capture_output(...) at test-chevron_tlg-methods.R:84:3
2. │ └─testthat::capture_output_lines(code, print, width = width)
3. │ └─testthat:::eval_with_output(code, print = print, width = width)
4. │ ├─withr::with_output_sink(path, withVisible(code))
5. │ │ └─base::force(code)
6. │ └─base::withVisible(code)
7. ├─chevron::run(...)
8. ├─chevron::run(...)
9. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
10. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
11. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, prune_0 = prune_0)
12. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
13. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
14. ├─formatters::make_row_df(tt)
15. └─rtables::make_row_df(tt)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::make_row_df(...)
18. └─rtables::make_row_df(...)
19. └─rtables (local) .local(...)
20. ├─formatters::make_row_df(...)
21. └─rtables::make_row_df(...)
22. └─rtables (local) .local(...)
23. ├─formatters::pagdfrow(...)
24. │ └─base::data.frame(...)
25. ├─formatters::nlines(...)
26. └─rtables::nlines(...)
27. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
28. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
29. └─rtables::get_formatted_cells(x)
30. ├─base::matrix(...)
31. ├─base::unlist(...)
32. └─base::Map(...)
33. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
34. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
35. └─rtables::format_rcell(...)
36. └─formatters::format_value(...)
37. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-chevron_tlg-methods.R:97:5'): run print internal functions when unwrap is TRUE and standard chevron_tlg has no layout ──
Error in `dplyr::summarise(., h_format_row(x = sfun(.data[[y]], ...)[table], format = table_format, labels = table_labels), .groups = "drop")`: i In argument: `h_format_row(...)`.
i In group 1: `ACTARM = A: Drug X` `AVISIT = BASELINE`.
Caused by error in `match.arg()`:
! 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─withr::with_options(...) at test-chevron_tlg-methods.R:96:3
2. │ └─base::force(code)
3. ├─testthat::capture_output(...) at test-chevron_tlg-methods.R:97:5
4. │ └─testthat::capture_output_lines(code, print, width = width)
5. │ └─testthat:::eval_with_output(code, print = print, width = width)
6. │ ├─withr::with_output_sink(path, withVisible(code))
7. │ │ └─base::force(code)
8. │ └─base::withVisible(code)
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. ├─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, dataset = dataset)
14. │ └─base::lapply(...)
15. │ └─tern (local) FUN(X[[i]], ...)
16. │ └─df_grp %>% ...
17. ├─dplyr::summarise(...)
18. ├─dplyr:::summarise.grouped_df(...)
19. │ └─dplyr:::summarise_cols(.data, dplyr_quosures(...), by, "summarise")
20. │ ├─base::withCallingHandlers(...)
21. │ └─dplyr:::map(quosures, summarise_eval_one, mask = mask)
22. │ └─base::lapply(.x, .f, ...)
23. │ └─dplyr (local) FUN(X[[i]], ...)
24. │ └─mask$eval_all_summarise(quo)
25. │ └─dplyr (local) eval()
26. ├─tern::h_format_row(...)
27. │ ├─base::do.call(...)
28. │ └─base::lapply(...)
29. │ └─tern (local) FUN(X[[i]], ...)
30. │ └─tern (local) format_cell(x[[xn]], format = format[[xn]], label = labels[xn])
31. │ └─rtables::format_rcell(x = x, format = format)
32. │ └─formatters::format_value(...)
33. │ └─base::match.arg(round_type)
34. │ └─base::stop(gettextf("'%s' must be of length 1", "arg"), domain = NA)
35. └─base::.handleSimpleError(...)
36. └─dplyr (local) h(simpleError(msg, call))
37. └─dplyr (local) handler(cnd)
38. └─rlang::abort(message, class = error_class, parent = parent, call = error_call)
── Error ('test-chevron_tlg-methods.R:309:5'): script_funs generates a valid script ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─withr::with_tempfile(...) at test-chevron_tlg-methods.R:301:3
2. │ └─base::eval(substitute(code), envir = env)
3. │ └─base::eval(substitute(code), envir = env)
4. │ ├─testthat::capture_output(source(tmp, local = TRUE)) at test-chevron_tlg-methods.R:309:5
5. │ │ └─testthat::capture_output_lines(code, print, width = width)
6. │ │ └─testthat:::eval_with_output(code, print = print, width = width)
7. │ │ ├─withr::with_output_sink(path, withVisible(code))
8. │ │ │ └─base::force(code)
9. │ │ └─base::withVisible(code)
10. │ ├─base::source(tmp, local = TRUE)
11. │ │ ├─base::withVisible(eval(ei, envir))
12. │ │ └─base::eval(ei, envir)
13. │ │ └─base::eval(ei, envir)
14. │ ├─chevron::run(...)
15. │ └─chevron::run(...)
16. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
17. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
18. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, arm_var = arm_var)
19. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
20. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
21. ├─formatters::make_row_df(tt)
22. └─rtables::make_row_df(tt)
23. └─rtables (local) .local(...)
24. ├─formatters::make_row_df(...)
25. └─rtables::make_row_df(...)
26. └─rtables (local) .local(...)
27. ├─formatters::make_row_df(...)
28. └─rtables::make_row_df(...)
29. └─rtables (local) .local(...)
30. ├─formatters::make_row_df(...)
31. └─rtables::make_row_df(...)
32. └─rtables (local) .local(...)
33. ├─formatters::make_row_df(...)
34. └─rtables::make_row_df(...)
35. └─rtables (local) .local(...)
36. ├─formatters::pagdfrow(...)
37. │ └─base::data.frame(...)
38. ├─formatters::nlines(...)
39. └─rtables::nlines(...)
40. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
41. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
42. └─rtables::get_formatted_cells(x)
43. ├─base::matrix(...)
44. ├─base::unlist(...)
45. └─base::Map(...)
46. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
47. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
48. └─rtables::format_rcell(...)
49. └─formatters::format_value(...)
50. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-cml02a_gl.R:5:3'): cml02a_gl works with adcm dataset ───────────
Error in `obj_round_type(x)`: got a list that doesn't appear to contain (only) tables or listings
Backtrace:
▆
1. ├─base::cat(export_as_txt(res, lpp = 100, cpp = 110))
2. └─formatters::export_as_txt(res, lpp = 100, cpp = 110)
3. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
4. │ ├─formatters::matrix_form(...)
5. │ └─rlistings::matrix_form(...)
6. │ └─rlistings (local) .local(...)
7. │ └─base::vapply(...)
8. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
9. │ └─base::match.arg(round_type)
10. ├─formatters::obj_round_type(x)
11. └─formatters::obj_round_type(x)
── Error ('test-cml02a_gl.R:13:3'): cml02a_gl works with missing data ──────────
Error in `obj_round_type(x)`: got a list that doesn't appear to contain (only) tables or listings
Backtrace:
▆
1. ├─base::cat(export_as_txt(res, lpp = 100, cpp = 110))
2. └─formatters::export_as_txt(res, lpp = 100, cpp = 110)
3. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
4. │ ├─formatters::matrix_form(...)
5. │ └─rlistings::matrix_form(...)
6. │ └─rlistings (local) .local(...)
7. │ └─base::vapply(...)
8. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
9. │ └─base::match.arg(round_type)
10. ├─formatters::obj_round_type(x)
11. └─formatters::obj_round_type(x)
── Error ('test-cml02a_gl.R:24:3'): cml02a_gl functions work as expected ───────
Error in `obj_round_type(x)`: got a list that doesn't appear to contain (only) tables or listings
Backtrace:
▆
1. ├─base::cat(export_as_txt(res, lpp = 100, cpp = 110))
2. └─formatters::export_as_txt(res, lpp = 100, cpp = 110)
3. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
4. │ ├─formatters::matrix_form(...)
5. │ └─rlistings::matrix_form(...)
6. │ └─rlistings (local) .local(...)
7. │ └─base::vapply(...)
8. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
9. │ └─base::match.arg(round_type)
10. ├─formatters::obj_round_type(x)
11. └─formatters::obj_round_type(x)
── Error ('test-cmt01a.R:5:3'): cmt01a functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::cmt01a_main(pre_data) at test-cmt01a.R:5:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adcm, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::pagdfrow(...)
14. │ └─base::data.frame(...)
15. ├─formatters::nlines(...)
16. └─rtables::nlines(...)
17. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
18. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
19. └─rtables::get_formatted_cells(x)
20. ├─base::matrix(...)
21. ├─base::unlist(...)
22. └─base::Map(...)
23. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
24. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
25. └─rtables::format_rcell(...)
26. └─formatters::format_value(...)
27. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-cmt01a.R:13:3'): cmt01a functions with custom argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::cmt01a_main(...) at test-cmt01a.R:13:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adcm, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::pagdfrow(...)
14. │ └─base::data.frame(...)
15. ├─formatters::nlines(...)
16. └─rtables::nlines(...)
17. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
18. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
19. └─rtables::get_formatted_cells(x)
20. ├─base::matrix(...)
21. ├─base::unlist(...)
22. └─base::Map(...)
23. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
24. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
25. └─rtables::format_rcell(...)
26. └─formatters::format_value(...)
27. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-cmt01a.R:34:3'): cmt01a can handle all NA values ───────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(cmt01a, proc_data)) at test-cmt01a.R:34:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(cmt01a, proc_data)
10. ├─chevron::run(cmt01a, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adcm, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-cmt01a.R:43:3'): cmt01a can handle some NA values ──────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(cmt01a, proc_data)) at test-cmt01a.R:43:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(cmt01a, proc_data)
10. ├─chevron::run(cmt01a, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adcm, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-cmt02_pt.R:8:3'): cmt02_pt can handle all NA values ────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(cmt02_pt, proc_data)) at test-cmt02_pt.R:8:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(cmt02_pt, proc_data)
10. ├─chevron::run(cmt02_pt, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adcm, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-cmt02_pt.R:17:3'): cmt02_pt can handle some NA values ──────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(cmt02_pt, proc_data)) at test-cmt02_pt.R:17:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(cmt02_pt, proc_data)
10. ├─chevron::run(cmt02_pt, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adcm, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-coxt01.R:5:3'): coxt01 can handle some NA values ───────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(res1 <- run(coxt01, proc_data)) at test-coxt01.R:5:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(coxt01, proc_data)
10. ├─chevron::run(coxt01, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adtte)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::pagdfrow(...)
32. │ └─base::data.frame(...)
33. ├─formatters::nlines(...)
34. └─rtables::nlines(...)
35. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
36. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
37. └─rtables::get_formatted_cells(x)
38. ├─base::matrix(...)
39. ├─base::unlist(...)
40. └─base::Map(...)
41. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
42. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
43. └─rtables::format_rcell(...)
44. └─formatters::format_value(...)
45. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-coxt02.R:4:3'): coxt02 can handle some NA values ───────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(coxt02, proc_data)) at test-coxt02.R:4:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(coxt02, proc_data)
10. ├─chevron::run(coxt02, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adtte)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::pagdfrow(...)
32. │ └─base::data.frame(...)
33. ├─formatters::nlines(...)
34. └─rtables::nlines(...)
35. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
36. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
37. └─rtables::get_formatted_cells(x)
38. ├─base::matrix(...)
39. ├─base::unlist(...)
40. └─base::Map(...)
41. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
42. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[3L]], spn = dots[[2L]][[3L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
43. └─rtables::format_rcell(...)
44. └─formatters::format_value(...)
45. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-default_tlg.R:5:3'): ael01_nollt function with default argument value return expected result with test data ──
Error in `obj_round_type(x)`: got a list that doesn't appear to contain (only) tables or listings
Backtrace:
▆
1. ├─base::cat(export_as_txt(res, lpp = 100))
2. └─formatters::export_as_txt(res, lpp = 100)
3. ├─formatters::paginate_to_mpfs(...)
4. │ ├─formatters::matrix_form(...)
5. │ └─rlistings::matrix_form(...)
6. │ └─rlistings (local) .local(...)
7. │ └─base::vapply(...)
8. │ └─formatters (local) FUN(X[[i]], ...)
9. │ └─base::match.arg(round_type)
10. ├─formatters::obj_round_type(x)
11. └─formatters::obj_round_type(x)
── Error ('test-default_tlg.R:10:3'): aet01 function with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::aet01_main(pre_data) at test-default_tlg.R:10:3
2. ├─base::rbind(...)
3. ├─base::rbind(...)
4. └─rtables::build_table(lyts$ae1, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
5. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
6. ├─formatters::make_row_df(tt)
7. └─rtables::make_row_df(tt)
8. └─rtables (local) .local(...)
9. ├─formatters::make_row_df(...)
10. └─rtables::make_row_df(...)
11. └─rtables (local) .local(...)
12. ├─formatters::pagdfrow(...)
13. │ └─base::data.frame(...)
14. ├─formatters::nlines(...)
15. └─rtables::nlines(...)
16. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
17. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
18. └─rtables::get_formatted_cells(x)
19. ├─base::matrix(...)
20. ├─base::unlist(...)
21. └─base::Map(...)
22. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
23. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
24. └─rtables::format_rcell(...)
25. └─formatters::format_value(...)
26. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-default_tlg.R:17:3'): aet01_aesi function with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::aet01_aesi_main(pre_data) at test-default_tlg.R:17:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::pagdfrow(...)
14. │ └─base::data.frame(...)
15. ├─formatters::nlines(...)
16. └─rtables::nlines(...)
17. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
18. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
19. └─rtables::get_formatted_cells(x)
20. ├─base::matrix(...)
21. ├─base::unlist(...)
22. └─base::Map(...)
23. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
24. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
25. └─rtables::format_rcell(...)
26. └─formatters::format_value(...)
27. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-default_tlg.R:24:3'): aet02 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::aet02_main(pre_data) at test-default_tlg.R:24:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::pagdfrow(...)
14. │ └─base::data.frame(...)
15. ├─formatters::nlines(...)
16. └─rtables::nlines(...)
17. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
18. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
19. └─rtables::get_formatted_cells(x)
20. ├─base::matrix(...)
21. ├─base::unlist(...)
22. └─base::Map(...)
23. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
24. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
25. └─rtables::format_rcell(...)
26. └─formatters::format_value(...)
27. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-default_tlg.R:31:3'): aet03 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::aet03_main(pre_data) at test-default_tlg.R:31:3
2. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::pagdfrow(...)
14. │ └─base::data.frame(...)
15. ├─formatters::nlines(...)
16. └─rtables::nlines(...)
17. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
18. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
19. └─rtables::get_formatted_cells(x)
20. ├─base::matrix(...)
21. ├─base::unlist(...)
22. └─base::Map(...)
23. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
24. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
25. └─rtables::format_rcell(...)
26. └─formatters::format_value(...)
27. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-default_tlg.R:38:3'): aet04 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::aet04_main(pre_data) at test-default_tlg.R:38:3
2. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::pagdfrow(...)
20. │ └─base::data.frame(...)
21. ├─formatters::nlines(...)
22. └─rtables::nlines(...)
23. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
24. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
25. └─rtables::get_formatted_cells(x)
26. ├─base::matrix(...)
27. ├─base::unlist(...)
28. └─base::Map(...)
29. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
30. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
31. └─rtables::format_rcell(...)
32. └─formatters::format_value(...)
33. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-default_tlg.R:45:3'): aet05 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::aet05_main(pre_data) at test-default_tlg.R:45:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::pagdfrow(...)
17. │ └─base::data.frame(...)
18. ├─formatters::nlines(...)
19. └─rtables::nlines(...)
20. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
21. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
22. └─rtables::get_formatted_cells(x)
23. ├─base::matrix(...)
24. ├─base::unlist(...)
25. └─base::Map(...)
26. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
27. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
28. └─rtables::format_rcell(...)
29. └─formatters::format_value(...)
30. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-default_tlg.R:52:3'): aet05_all functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::aet05_main(pre_data) at test-default_tlg.R:52:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::pagdfrow(...)
17. │ └─base::data.frame(...)
18. ├─formatters::nlines(...)
19. └─rtables::nlines(...)
20. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
21. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
22. └─rtables::get_formatted_cells(x)
23. ├─base::matrix(...)
24. ├─base::unlist(...)
25. └─base::Map(...)
26. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
27. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
28. └─rtables::format_rcell(...)
29. └─formatters::format_value(...)
30. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-default_tlg.R:59:3'): aet10 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::aet10_main(pre_data) at test-default_tlg.R:59:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::pagdfrow(...)
11. │ └─base::data.frame(...)
12. ├─formatters::nlines(...)
13. └─rtables::nlines(...)
14. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
15. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
16. └─rtables::get_formatted_cells(x)
17. ├─base::matrix(...)
18. ├─base::unlist(...)
19. └─base::Map(...)
20. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
21. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
22. └─rtables::format_rcell(...)
23. └─formatters::format_value(...)
24. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-default_tlg.R:66:3'): cmt02_pt functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::cmt02_pt_main(pre_data) at test-default_tlg.R:66:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adcm, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::pagdfrow(...)
14. │ └─base::data.frame(...)
15. ├─formatters::nlines(...)
16. └─rtables::nlines(...)
17. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
18. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
19. └─rtables::get_formatted_cells(x)
20. ├─base::matrix(...)
21. ├─base::unlist(...)
22. └─base::Map(...)
23. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
24. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
25. └─rtables::format_rcell(...)
26. └─formatters::format_value(...)
27. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-default_tlg.R:76:3'): coxt01 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::coxt01_main(pre_data) at test-default_tlg.R:76:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adtte)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::pagdfrow(...)
20. │ └─base::data.frame(...)
21. ├─formatters::nlines(...)
22. └─rtables::nlines(...)
23. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
24. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
25. └─rtables::get_formatted_cells(x)
26. ├─base::matrix(...)
27. ├─base::unlist(...)
28. └─base::Map(...)
29. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
30. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
31. └─rtables::format_rcell(...)
32. └─formatters::format_value(...)
33. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-default_tlg.R:84:3'): coxt02 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::coxt02_main(pre_data) at test-default_tlg.R:84:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adtte)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::pagdfrow(...)
20. │ └─base::data.frame(...)
21. ├─formatters::nlines(...)
22. └─rtables::nlines(...)
23. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
24. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
25. └─rtables::get_formatted_cells(x)
26. ├─base::matrix(...)
27. ├─base::unlist(...)
28. └─base::Map(...)
29. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
30. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[3L]], spn = dots[[2L]][[3L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
31. └─rtables::format_rcell(...)
32. └─formatters::format_value(...)
33. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-default_tlg.R:91:3'): dmt01 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::dmt01_main(pre_data) at test-default_tlg.R:91:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::pagdfrow(...)
14. │ └─base::data.frame(...)
15. ├─formatters::nlines(...)
16. └─rtables::nlines(...)
17. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
18. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
19. └─rtables::get_formatted_cells(x)
20. ├─base::matrix(...)
21. ├─base::unlist(...)
22. └─base::Map(...)
23. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
24. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
25. └─rtables::format_rcell(...)
26. └─formatters::format_value(...)
27. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-default_tlg.R:98:3'): dst01 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::dst01_main(pre_data) at test-default_tlg.R:98:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::pagdfrow(...)
17. │ └─base::data.frame(...)
18. ├─formatters::nlines(...)
19. └─rtables::nlines(...)
20. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
21. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
22. └─rtables::get_formatted_cells(x)
23. ├─base::matrix(...)
24. ├─base::unlist(...)
25. └─base::Map(...)
26. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
27. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
28. └─rtables::format_rcell(...)
29. └─formatters::format_value(...)
30. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-default_tlg.R:105:3'): dtht01 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::dtht01_main(pre_data) at test-default_tlg.R:105:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::pagdfrow(...)
14. │ └─base::data.frame(...)
15. ├─formatters::nlines(...)
16. └─rtables::nlines(...)
17. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
18. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
19. └─rtables::get_formatted_cells(x)
20. ├─base::matrix(...)
21. ├─base::unlist(...)
22. └─base::Map(...)
23. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
24. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
25. └─rtables::format_rcell(...)
26. └─formatters::format_value(...)
27. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dmt01.R:7:3'): dmt01 can handle NA values ──────────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(dmt01, proc_data)) at test-dmt01.R:7:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(dmt01, proc_data)
10. ├─chevron::run(dmt01, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dmt01.R:15:3'): dmt01 can handle numeric NA values ─────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(dmt01, proc_data)) at test-dmt01.R:15:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(dmt01, proc_data)
10. ├─chevron::run(dmt01, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dmt01.R:36:3'): dmt01 works as expected with setting default precision ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-dmt01.R:36:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, summaryvars = summaryvars, precision = precision)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dmt01.R:42:3'): dmt01 works as expected with auto precision settings ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-dmt01.R:42:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, summaryvars = summaryvars, precision = precision)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dmt01.R:48:3'): dmt01 works as expected with auto precision settings and defined precision ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-dmt01.R:48:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, summaryvars = summaryvars, precision = precision)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dmt01.R:54:3'): dmt01 works as expected with auto precision settings and defined precision and default ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-dmt01.R:54:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, summaryvars = summaryvars, precision = precision)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dmt01.R:62:3'): dmt01 works as expected with cutomized stats value ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-dmt01.R:62:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(...)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dmt01.R:76:3'): dmt01 works as expected with empty list as stats value ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-dmt01.R:76:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(...)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dmt01.R:90:3'): dmt01 works as expected with only one summaryvars ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(dmt01, syn_data, summaryvars = c("RACE"))) at test-dmt01.R:90:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(dmt01, syn_data, summaryvars = c("RACE"))
10. ├─chevron::run(dmt01, syn_data, summaryvars = c("RACE"))
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, summaryvars = summaryvars)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dst01.R:10:3'): dst01 works as expected when all data are NA ───
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(res <- run(dst01, proc_data, detail_vars = list())) at test-dst01.R:10:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(dst01, proc_data, detail_vars = list())
10. ├─chevron::run(dst01, proc_data, detail_vars = list())
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, detail_vars = detail_vars)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dst01.R:22:3'): dst01 can handle all NA values in DCSREAS ──────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(dst01, proc_data, detail_vars = list())) at test-dst01.R:22:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(dst01, proc_data, detail_vars = list())
10. ├─chevron::run(dst01, proc_data, detail_vars = list())
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, detail_vars = detail_vars)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dst01.R:30:3'): dst01 can handle some NA values ────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(dst01, proc_data)) at test-dst01.R:30:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(dst01, proc_data)
10. ├─chevron::run(dst01, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::pagdfrow(...)
29. │ └─base::data.frame(...)
30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dst01.R:41:3'): dst01 can handle missing levels in status_var ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(dst01, proc_data, detail_vars = list())) at test-dst01.R:41:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(dst01, proc_data, detail_vars = list())
10. ├─chevron::run(dst01, proc_data, detail_vars = list())
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, detail_vars = detail_vars)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dst01.R:47:3'): dst01 can create variants ──────────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-dst01.R:47:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, detail_vars = detail_vars)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dst01.R:55:3'): dst01 can create variants ──────────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-dst01.R:55:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, detail_vars = detail_vars)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::pagdfrow(...)
29. │ └─base::data.frame(...)
30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dst01.R:61:3'): dst01 can create variants ──────────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-dst01.R:61:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, detail_vars = detail_vars, trt_status_var = trt_status_var)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::pagdfrow(...)
29. │ └─base::data.frame(...)
30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dtht01.R:11:3'): dtht01 can handle all NA values ───────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-dtht01.R:11:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(...)
14. └─rtables::build_table(lyt, adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dtht01.R:19:3'): dtht01 can handle some NA values ──────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-dtht01.R:19:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(...)
14. └─rtables::build_table(lyt, adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-dtht01.R:30:3'): dtht01 can be parametrize as expected ─────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::dtht01_main(pre_data, time_since_last_dose = TRUE, other_category = TRUE) at test-dtht01.R:30:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::pagdfrow(...)
14. │ └─base::data.frame(...)
15. ├─formatters::nlines(...)
16. └─rtables::nlines(...)
17. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
18. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
19. └─rtables::get_formatted_cells(x)
20. ├─base::matrix(...)
21. ├─base::unlist(...)
22. └─base::Map(...)
23. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
24. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
25. └─rtables::format_rcell(...)
26. └─formatters::format_value(...)
27. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-egt01.R:5:3'): egt01 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::egt01_main(pre_data) at test-egt01.R:5:3
2. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-egt01.R:18:3'): egt01 can handle n = 0 and outputs NE instead of infs and NAs ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-egt01.R:18:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(egt01, proc_data, precision = list(HR = 1, default = 0))
10. ├─chevron::run(egt01, proc_data, precision = list(HR = 1, default = 0))
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, precision = precision)
14. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::make_row_df(...)
32. └─rtables::make_row_df(...)
33. └─rtables (local) .local(...)
34. ├─formatters::pagdfrow(...)
35. │ └─base::data.frame(...)
36. ├─formatters::nlines(...)
37. └─rtables::nlines(...)
38. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
39. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
40. └─rtables::get_formatted_cells(x)
41. ├─base::matrix(...)
42. ├─base::unlist(...)
43. └─base::Map(...)
44. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
45. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
46. └─rtables::format_rcell(...)
47. └─formatters::format_value(...)
48. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-egt02.R:5:3'): egt02_1 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::egt02_1_main(pre_data) at test-egt02.R:5:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adeg, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::pagdfrow(...)
17. │ └─base::data.frame(...)
18. ├─formatters::nlines(...)
19. └─rtables::nlines(...)
20. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
21. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
22. └─rtables::get_formatted_cells(x)
23. ├─base::matrix(...)
24. ├─base::unlist(...)
25. └─base::Map(...)
26. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
27. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
28. └─rtables::format_rcell(...)
29. └─formatters::format_value(...)
30. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-egt02.R:13:3'): egt02_2 functions with default value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::egt02_2_main(pre_data) at test-egt02.R:13:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adeg, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::pagdfrow(...)
17. │ └─base::data.frame(...)
18. ├─formatters::nlines(...)
19. └─rtables::nlines(...)
20. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
21. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
22. └─rtables::get_formatted_cells(x)
23. ├─base::matrix(...)
24. ├─base::unlist(...)
25. └─base::Map(...)
26. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
27. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
28. └─rtables::format_rcell(...)
29. └─formatters::format_value(...)
30. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-egt03.R:5:3'): egt03 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::egt03_main(pre_data) at test-egt03.R:5:3
2. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db$adeg)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-egt03.R:29:3'): egt03 can handle some NA values ────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(egt03, proc_data)) at test-egt03.R:29:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(egt03, proc_data)
10. ├─chevron::run(egt03, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db$adeg)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::make_row_df(...)
32. └─rtables::make_row_df(...)
33. └─rtables (local) .local(...)
34. ├─formatters::pagdfrow(...)
35. │ └─base::data.frame(...)
36. ├─formatters::nlines(...)
37. └─rtables::nlines(...)
38. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
39. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
40. └─rtables::get_formatted_cells(x)
41. ├─base::matrix(...)
42. ├─base::unlist(...)
43. └─base::Map(...)
44. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
45. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
46. └─rtables::format_rcell(...)
47. └─formatters::format_value(...)
48. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-egt05_qtcat.R:5:3'): egt05_qtcat functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::egt05_qtcat_main(pre_data) at test-egt05_qtcat.R:5:3
2. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db$adeg, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-egt05_qtcat.R:29:3'): egt05_qtcat can handle some NA values ────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(egt05_qtcat, proc_data)) at test-egt05_qtcat.R:29:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(egt05_qtcat, proc_data)
10. ├─chevron::run(egt05_qtcat, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db$adeg, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::make_row_df(...)
32. └─rtables::make_row_df(...)
33. └─rtables (local) .local(...)
34. ├─formatters::pagdfrow(...)
35. │ └─base::data.frame(...)
36. ├─formatters::nlines(...)
37. └─rtables::nlines(...)
38. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
39. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
40. └─rtables::get_formatted_cells(x)
41. ├─base::matrix(...)
42. ├─base::unlist(...)
43. └─base::Map(...)
44. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
45. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
46. └─rtables::format_rcell(...)
47. └─formatters::format_value(...)
48. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-empty_report.R:19:3'): tlg functions return null reports when domain table is empty ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─chevron::run(aet01, dat_empty, prune_0 = TRUE) at test-empty_report.R:19:3
2. ├─chevron::run(aet01, dat_empty, prune_0 = TRUE)
3. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
4. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
5. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, prune_0 = prune_0)
6. ├─base::rbind(...)
7. ├─base::rbind(...)
8. └─rtables::build_table(lyts$ae1, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
9. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
10. ├─formatters::make_row_df(tt)
11. └─rtables::make_row_df(tt)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::pagdfrow(...)
17. │ └─base::data.frame(...)
18. ├─formatters::nlines(...)
19. └─rtables::nlines(...)
20. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
21. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
22. └─rtables::get_formatted_cells(x)
23. ├─base::matrix(...)
24. ├─base::unlist(...)
25. └─base::Map(...)
26. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
27. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
28. └─rtables::format_rcell(...)
29. └─formatters::format_value(...)
30. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-ext01.R:5:3'): ext01 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::ext01_main(pre_data) at test-ext01.R:5:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-ext01.R:14:3'): ext01 functions with categorical data return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::ext01_main(pre_data, summaryvars = c("AVAL", "AVALCAT1")) at test-ext01.R:14:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-ext01.R:24:3'): ext01 works ────────────────────────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(ext01, proc_data)) at test-ext01.R:24:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(ext01, proc_data)
10. ├─chevron::run(ext01, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::make_row_df(...)
32. └─rtables::make_row_df(...)
33. └─rtables (local) .local(...)
34. ├─formatters::pagdfrow(...)
35. │ └─base::data.frame(...)
36. ├─formatters::nlines(...)
37. └─rtables::nlines(...)
38. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
39. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
40. └─rtables::get_formatted_cells(x)
41. ├─base::matrix(...)
42. ├─base::unlist(...)
43. └─base::Map(...)
44. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
45. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
46. └─rtables::format_rcell(...)
47. └─formatters::format_value(...)
48. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-ext01.R:38:3'): ext01 works for selected parameters and categorical variables ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─chevron::run(...) at test-ext01.R:38:3
2. ├─chevron::run(...)
3. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
4. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
5. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, prune_0 = prune_0, summaryvars = summaryvars)
6. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, adam_db$adsl)
7. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
8. ├─formatters::make_row_df(tt)
9. └─rtables::make_row_df(tt)
10. └─rtables (local) .local(...)
11. ├─formatters::make_row_df(...)
12. └─rtables::make_row_df(...)
13. └─rtables (local) .local(...)
14. ├─formatters::make_row_df(...)
15. └─rtables::make_row_df(...)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::make_row_df(...)
18. └─rtables::make_row_df(...)
19. └─rtables (local) .local(...)
20. ├─formatters::make_row_df(...)
21. └─rtables::make_row_df(...)
22. └─rtables (local) .local(...)
23. ├─formatters::make_row_df(...)
24. └─rtables::make_row_df(...)
25. └─rtables (local) .local(...)
26. ├─formatters::pagdfrow(...)
27. │ └─base::data.frame(...)
28. ├─formatters::nlines(...)
29. └─rtables::nlines(...)
30. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
31. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
32. └─rtables::get_formatted_cells(x)
33. ├─base::matrix(...)
34. ├─base::unlist(...)
35. └─base::Map(...)
36. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
37. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
38. └─rtables::format_rcell(...)
39. └─formatters::format_value(...)
40. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-ext01.R:50:3'): ext01 works with custom mapping order ──────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─chevron::run(...) at test-ext01.R:50:3
2. ├─chevron::run(...)
3. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
4. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
5. └─chevron (local) `<fn>`(...)
6. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, adam_db$adsl)
7. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
8. ├─formatters::make_row_df(tt)
9. └─rtables::make_row_df(tt)
10. └─rtables (local) .local(...)
11. ├─formatters::make_row_df(...)
12. └─rtables::make_row_df(...)
13. └─rtables (local) .local(...)
14. ├─formatters::make_row_df(...)
15. └─rtables::make_row_df(...)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::make_row_df(...)
18. └─rtables::make_row_df(...)
19. └─rtables (local) .local(...)
20. ├─formatters::make_row_df(...)
21. └─rtables::make_row_df(...)
22. └─rtables (local) .local(...)
23. ├─formatters::make_row_df(...)
24. └─rtables::make_row_df(...)
25. └─rtables (local) .local(...)
26. ├─formatters::pagdfrow(...)
27. │ └─base::data.frame(...)
28. ├─formatters::nlines(...)
29. └─rtables::nlines(...)
30. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
31. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
32. └─rtables::get_formatted_cells(x)
33. ├─base::matrix(...)
34. ├─base::unlist(...)
35. └─base::Map(...)
36. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
37. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
38. └─rtables::format_rcell(...)
39. └─formatters::format_value(...)
40. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-ext01.R:60:3'): ext01 works with custom mapping order for a single split ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─chevron::run(...) at test-ext01.R:60:3
2. ├─chevron::run(...)
3. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
4. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
5. └─chevron (local) `<fn>`(...)
6. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, adam_db$adsl)
7. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
8. ├─formatters::make_row_df(tt)
9. └─rtables::make_row_df(tt)
10. └─rtables (local) .local(...)
11. ├─formatters::make_row_df(...)
12. └─rtables::make_row_df(...)
13. └─rtables (local) .local(...)
14. ├─formatters::make_row_df(...)
15. └─rtables::make_row_df(...)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::make_row_df(...)
18. └─rtables::make_row_df(...)
19. └─rtables (local) .local(...)
20. ├─formatters::make_row_df(...)
21. └─rtables::make_row_df(...)
22. └─rtables (local) .local(...)
23. ├─formatters::make_row_df(...)
24. └─rtables::make_row_df(...)
25. └─rtables (local) .local(...)
26. ├─formatters::pagdfrow(...)
27. │ └─base::data.frame(...)
28. ├─formatters::nlines(...)
29. └─rtables::nlines(...)
30. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
31. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
32. └─rtables::get_formatted_cells(x)
33. ├─base::matrix(...)
34. ├─base::unlist(...)
35. └─base::Map(...)
36. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
37. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
38. └─rtables::format_rcell(...)
39. └─formatters::format_value(...)
40. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-ext01.R:72:3'): ext01 works with custom mapping fill in value ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─chevron::run(...) at test-ext01.R:72:3
2. ├─chevron::run(...)
3. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
4. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
5. └─chevron (local) `<fn>`(...)
6. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, adam_db$adsl)
7. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
8. ├─formatters::make_row_df(tt)
9. └─rtables::make_row_df(tt)
10. └─rtables (local) .local(...)
11. ├─formatters::make_row_df(...)
12. └─rtables::make_row_df(...)
13. └─rtables (local) .local(...)
14. ├─formatters::make_row_df(...)
15. └─rtables::make_row_df(...)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::make_row_df(...)
18. └─rtables::make_row_df(...)
19. └─rtables (local) .local(...)
20. ├─formatters::make_row_df(...)
21. └─rtables::make_row_df(...)
22. └─rtables (local) .local(...)
23. ├─formatters::make_row_df(...)
24. └─rtables::make_row_df(...)
25. └─rtables (local) .local(...)
26. ├─formatters::pagdfrow(...)
27. │ └─base::data.frame(...)
28. ├─formatters::nlines(...)
29. └─rtables::nlines(...)
30. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
31. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
32. └─rtables::get_formatted_cells(x)
33. ├─base::matrix(...)
34. ├─base::unlist(...)
35. └─base::Map(...)
36. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
37. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
38. └─rtables::format_rcell(...)
39. └─formatters::format_value(...)
40. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-ext01.R:78:3'): ext01 precision argument works as expected ─────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─chevron::run(ext01, syn_data, precision = list(TDOSE = 4, default = 0)) at test-ext01.R:78:3
2. ├─chevron::run(ext01, syn_data, precision = list(TDOSE = 4, default = 0))
3. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
4. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
5. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, precision = precision)
6. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, adam_db$adsl)
7. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
8. ├─formatters::make_row_df(tt)
9. └─rtables::make_row_df(tt)
10. └─rtables (local) .local(...)
11. ├─formatters::make_row_df(...)
12. └─rtables::make_row_df(...)
13. └─rtables (local) .local(...)
14. ├─formatters::make_row_df(...)
15. └─rtables::make_row_df(...)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::make_row_df(...)
18. └─rtables::make_row_df(...)
19. └─rtables (local) .local(...)
20. ├─formatters::make_row_df(...)
21. └─rtables::make_row_df(...)
22. └─rtables (local) .local(...)
23. ├─formatters::make_row_df(...)
24. └─rtables::make_row_df(...)
25. └─rtables (local) .local(...)
26. ├─formatters::pagdfrow(...)
27. │ └─base::data.frame(...)
28. ├─formatters::nlines(...)
29. └─rtables::nlines(...)
30. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
31. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
32. └─rtables::get_formatted_cells(x)
33. ├─base::matrix(...)
34. ├─base::unlist(...)
35. └─base::Map(...)
36. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
37. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
38. └─rtables::format_rcell(...)
39. └─formatters::format_value(...)
40. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-fstg01.R:6:3'): fstg01 works as expected ───────────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(fstg01_main(pre_data, dataset = "adrs")) at test-fstg01.R:6:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::fstg01_main(pre_data, dataset = "adrs")
10. │ └─basic_table() %>% tabulate_rsp_subgroups(df, vars = stat_var)
11. └─tern::tabulate_rsp_subgroups(., df, vars = stat_var)
12. └─rtables::build_table(lyt_prop, df = df$prop)
13. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
14. ├─formatters::make_row_df(tt)
15. └─rtables::make_row_df(tt)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::make_row_df(...)
18. └─rtables::make_row_df(...)
19. └─rtables (local) .local(...)
20. ├─formatters::make_row_df(...)
21. └─rtables::make_row_df(...)
22. └─rtables (local) .local(...)
23. ├─formatters::make_row_df(...)
24. └─rtables::make_row_df(...)
25. └─rtables (local) .local(...)
26. ├─formatters::make_row_df(...)
27. └─rtables::make_row_df(...)
28. └─rtables (local) .local(...)
29. ├─formatters::pagdfrow(...)
30. │ └─base::data.frame(...)
31. ├─formatters::nlines(...)
32. └─rtables::nlines(...)
33. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
34. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
35. └─rtables::get_formatted_cells(x)
36. ├─base::matrix(...)
37. ├─base::unlist(...)
38. └─base::Map(...)
39. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
40. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
41. └─rtables::format_rcell(...)
42. └─formatters::format_value(...)
43. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-fstg01.R:16:3'): fstg01 works as expected with custom color set ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-fstg01.R:16:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. ├─chevron (local) `<fn>`(...)
14. │ └─basic_table() %>% tabulate_rsp_subgroups(df, vars = stat_var)
15. └─tern::tabulate_rsp_subgroups(., df, vars = stat_var)
16. └─rtables::build_table(lyt_prop, df = df$prop)
17. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
18. ├─formatters::make_row_df(tt)
19. └─rtables::make_row_df(tt)
20. └─rtables (local) .local(...)
21. ├─formatters::make_row_df(...)
22. └─rtables::make_row_df(...)
23. └─rtables (local) .local(...)
24. ├─formatters::make_row_df(...)
25. └─rtables::make_row_df(...)
26. └─rtables (local) .local(...)
27. ├─formatters::make_row_df(...)
28. └─rtables::make_row_df(...)
29. └─rtables (local) .local(...)
30. ├─formatters::make_row_df(...)
31. └─rtables::make_row_df(...)
32. └─rtables (local) .local(...)
33. ├─formatters::pagdfrow(...)
34. │ └─base::data.frame(...)
35. ├─formatters::nlines(...)
36. └─rtables::nlines(...)
37. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
38. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
39. └─rtables::get_formatted_cells(x)
40. ├─base::matrix(...)
41. ├─base::unlist(...)
42. └─base::Map(...)
43. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
44. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
45. └─rtables::format_rcell(...)
46. └─formatters::format_value(...)
47. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-fstg01.R:27:3'): fstg01 works if changes are in subgroups, conf_level, and label_all ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-fstg01.R:27:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. ├─chevron (local) `<fn>`(...)
14. │ └─basic_table() %>% tabulate_rsp_subgroups(df, vars = stat_var)
15. └─tern::tabulate_rsp_subgroups(., df, vars = stat_var)
16. └─rtables::build_table(lyt_prop, df = df$prop)
17. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
18. ├─formatters::make_row_df(tt)
19. └─rtables::make_row_df(tt)
20. └─rtables (local) .local(...)
21. ├─formatters::make_row_df(...)
22. └─rtables::make_row_df(...)
23. └─rtables (local) .local(...)
24. ├─formatters::make_row_df(...)
25. └─rtables::make_row_df(...)
26. └─rtables (local) .local(...)
27. ├─formatters::make_row_df(...)
28. └─rtables::make_row_df(...)
29. └─rtables (local) .local(...)
30. ├─formatters::pagdfrow(...)
31. │ └─base::data.frame(...)
32. ├─formatters::nlines(...)
33. └─rtables::nlines(...)
34. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
35. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
36. └─rtables::get_formatted_cells(x)
37. ├─base::matrix(...)
38. ├─base::unlist(...)
39. └─base::Map(...)
40. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
41. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
42. └─rtables::format_rcell(...)
43. └─formatters::format_value(...)
44. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-fstg01.R:44:3'): fstg01 can handle some NA values in subgroups ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-fstg01.R:44:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(fstg01, proc_data, response = c("CR", "PR"), dataset = "adrs")
10. ├─chevron::run(fstg01, proc_data, response = c("CR", "PR"), dataset = "adrs")
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. ├─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, response = response, dataset = dataset)
14. │ └─basic_table() %>% tabulate_rsp_subgroups(df, vars = stat_var)
15. └─tern::tabulate_rsp_subgroups(., df, vars = stat_var)
16. └─rtables::build_table(lyt_prop, df = df$prop)
17. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
18. ├─formatters::make_row_df(tt)
19. └─rtables::make_row_df(tt)
20. └─rtables (local) .local(...)
21. ├─formatters::make_row_df(...)
22. └─rtables::make_row_df(...)
23. └─rtables (local) .local(...)
24. ├─formatters::make_row_df(...)
25. └─rtables::make_row_df(...)
26. └─rtables (local) .local(...)
27. ├─formatters::make_row_df(...)
28. └─rtables::make_row_df(...)
29. └─rtables (local) .local(...)
30. ├─formatters::make_row_df(...)
31. └─rtables::make_row_df(...)
32. └─rtables (local) .local(...)
33. ├─formatters::pagdfrow(...)
34. │ └─base::data.frame(...)
35. ├─formatters::nlines(...)
36. └─rtables::nlines(...)
37. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
38. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
39. └─rtables::get_formatted_cells(x)
40. ├─base::matrix(...)
41. ├─base::unlist(...)
42. └─base::Map(...)
43. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
44. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
45. └─rtables::format_rcell(...)
46. └─formatters::format_value(...)
47. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-fstg02.R:6:3'): fstg02 works as expected ───────────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(fstg02_main(pre_data, dataset = "adtte")) at test-fstg02.R:6:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::fstg02_main(pre_data, dataset = "adtte")
10. │ └─basic_table() %>% ...
11. └─tern::tabulate_survival_subgroups(., df, vars = stat_var, time_unit = timeunit)
12. └─rtables::build_table(lyt_survtime, df = df$survtime)
13. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
14. ├─formatters::make_row_df(tt)
15. └─rtables::make_row_df(tt)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::make_row_df(...)
18. └─rtables::make_row_df(...)
19. └─rtables (local) .local(...)
20. ├─formatters::make_row_df(...)
21. └─rtables::make_row_df(...)
22. └─rtables (local) .local(...)
23. ├─formatters::make_row_df(...)
24. └─rtables::make_row_df(...)
25. └─rtables (local) .local(...)
26. ├─formatters::make_row_df(...)
27. └─rtables::make_row_df(...)
28. └─rtables (local) .local(...)
29. ├─formatters::pagdfrow(...)
30. │ └─base::data.frame(...)
31. ├─formatters::nlines(...)
32. └─rtables::nlines(...)
33. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
34. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
35. └─rtables::get_formatted_cells(x)
36. ├─base::matrix(...)
37. ├─base::unlist(...)
38. └─base::Map(...)
39. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
40. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
41. └─rtables::format_rcell(...)
42. └─formatters::format_value(...)
43. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-fstg02.R:16:3'): fstg02 works as expected with custom color set ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-fstg02.R:16:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(fstg02, proc_data, dataset = "adtte", col = "gray")
10. ├─chevron::run(fstg02, proc_data, dataset = "adtte", col = "gray")
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. ├─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, dataset = dataset, col = col)
14. │ └─basic_table() %>% ...
15. └─tern::tabulate_survival_subgroups(., df, vars = stat_var, time_unit = timeunit)
16. └─rtables::build_table(lyt_survtime, df = df$survtime)
17. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
18. ├─formatters::make_row_df(tt)
19. └─rtables::make_row_df(tt)
20. └─rtables (local) .local(...)
21. ├─formatters::make_row_df(...)
22. └─rtables::make_row_df(...)
23. └─rtables (local) .local(...)
24. ├─formatters::make_row_df(...)
25. └─rtables::make_row_df(...)
26. └─rtables (local) .local(...)
27. ├─formatters::make_row_df(...)
28. └─rtables::make_row_df(...)
29. └─rtables (local) .local(...)
30. ├─formatters::make_row_df(...)
31. └─rtables::make_row_df(...)
32. └─rtables (local) .local(...)
33. ├─formatters::pagdfrow(...)
34. │ └─base::data.frame(...)
35. ├─formatters::nlines(...)
36. └─rtables::nlines(...)
37. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
38. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
39. └─rtables::get_formatted_cells(x)
40. ├─base::matrix(...)
41. ├─base::unlist(...)
42. └─base::Map(...)
43. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
44. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
45. └─rtables::format_rcell(...)
46. └─formatters::format_value(...)
47. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-fstg02.R:27:3'): fstg02 works if changes are in subgroups, strata_var, conf_level, and label_all ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-fstg02.R:27:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(fstg02, proc_data, subgroups = NULL, dataset = "adtte")
10. ├─chevron::run(fstg02, proc_data, subgroups = NULL, dataset = "adtte")
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. ├─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, subgroups = subgroups, dataset = dataset)
14. │ └─basic_table() %>% ...
15. └─tern::tabulate_survival_subgroups(., df, vars = stat_var, time_unit = timeunit)
16. └─rtables::build_table(lyt_survtime, df = df$survtime)
17. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
18. ├─formatters::make_row_df(tt)
19. └─rtables::make_row_df(tt)
20. └─rtables (local) .local(...)
21. ├─formatters::make_row_df(...)
22. └─rtables::make_row_df(...)
23. └─rtables (local) .local(...)
24. ├─formatters::make_row_df(...)
25. └─rtables::make_row_df(...)
26. └─rtables (local) .local(...)
27. ├─formatters::make_row_df(...)
28. └─rtables::make_row_df(...)
29. └─rtables (local) .local(...)
30. ├─formatters::pagdfrow(...)
31. │ └─base::data.frame(...)
32. ├─formatters::nlines(...)
33. └─rtables::nlines(...)
34. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
35. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
36. └─rtables::get_formatted_cells(x)
37. ├─base::matrix(...)
38. ├─base::unlist(...)
39. └─base::Map(...)
40. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
41. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
42. └─rtables::format_rcell(...)
43. └─formatters::format_value(...)
44. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-fstg02.R:44:3'): fstg02 can handle some NA values in subgroups ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(fstg02, proc_data, dataset = "adtte")) at test-fstg02.R:44:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(fstg02, proc_data, dataset = "adtte")
10. ├─chevron::run(fstg02, proc_data, dataset = "adtte")
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. ├─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, dataset = dataset)
14. │ └─basic_table() %>% ...
15. └─tern::tabulate_survival_subgroups(., df, vars = stat_var, time_unit = timeunit)
16. └─rtables::build_table(lyt_survtime, df = df$survtime)
17. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
18. ├─formatters::make_row_df(tt)
19. └─rtables::make_row_df(tt)
20. └─rtables (local) .local(...)
21. ├─formatters::make_row_df(...)
22. └─rtables::make_row_df(...)
23. └─rtables (local) .local(...)
24. ├─formatters::make_row_df(...)
25. └─rtables::make_row_df(...)
26. └─rtables (local) .local(...)
27. ├─formatters::make_row_df(...)
28. └─rtables::make_row_df(...)
29. └─rtables (local) .local(...)
30. ├─formatters::make_row_df(...)
31. └─rtables::make_row_df(...)
32. └─rtables (local) .local(...)
33. ├─formatters::pagdfrow(...)
34. │ └─base::data.frame(...)
35. ├─formatters::nlines(...)
36. └─rtables::nlines(...)
37. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
38. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
39. └─rtables::get_formatted_cells(x)
40. ├─base::matrix(...)
41. ├─base::unlist(...)
42. └─base::Map(...)
43. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
44. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
45. └─rtables::format_rcell(...)
46. └─formatters::format_value(...)
47. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-fstg02.R:59:3'): fstg02 can handle customized time units ───────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(fstg02, proc_data, dataset = "adtte")) at test-fstg02.R:59:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(fstg02, proc_data, dataset = "adtte")
10. ├─chevron::run(fstg02, proc_data, dataset = "adtte")
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. ├─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, dataset = dataset)
14. │ └─basic_table() %>% ...
15. └─tern::tabulate_survival_subgroups(., df, vars = stat_var, time_unit = timeunit)
16. └─rtables::build_table(lyt_survtime, df = df$survtime)
17. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
18. ├─formatters::make_row_df(tt)
19. └─rtables::make_row_df(tt)
20. └─rtables (local) .local(...)
21. ├─formatters::make_row_df(...)
22. └─rtables::make_row_df(...)
23. └─rtables (local) .local(...)
24. ├─formatters::make_row_df(...)
25. └─rtables::make_row_df(...)
26. └─rtables (local) .local(...)
27. ├─formatters::make_row_df(...)
28. └─rtables::make_row_df(...)
29. └─rtables (local) .local(...)
30. ├─formatters::make_row_df(...)
31. └─rtables::make_row_df(...)
32. └─rtables (local) .local(...)
33. ├─formatters::pagdfrow(...)
34. │ └─base::data.frame(...)
35. ├─formatters::nlines(...)
36. └─rtables::nlines(...)
37. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
38. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
39. └─rtables::get_formatted_cells(x)
40. ├─base::matrix(...)
41. ├─base::unlist(...)
42. └─base::Map(...)
43. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
44. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
45. └─rtables::format_rcell(...)
46. └─formatters::format_value(...)
47. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt01.R:9:3'): lbt01 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::lbt01_main(pre_data) at test-lbt01.R:9:3
2. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt01.R:19:3'): lbt01 functions with row_split_var return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::lbt01_main(pre_data, row_split_var = "LBCAT", precision = list(ALT = 0)) at test-lbt01.R:19:3
2. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::pagdfrow(...)
29. │ └─base::data.frame(...)
30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt01.R:32:3'): lbt01 can handle n = 0 and outputs NE instead of infs and NAs ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-lbt01.R:32:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(lbt01, proc_data, precision = list(ALT = 0, CRP = 1))
10. ├─chevron::run(lbt01, proc_data, precision = list(ALT = 0, CRP = 1))
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, precision = precision)
14. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::make_row_df(...)
32. └─rtables::make_row_df(...)
33. └─rtables (local) .local(...)
34. ├─formatters::pagdfrow(...)
35. │ └─base::data.frame(...)
36. ├─formatters::nlines(...)
37. └─rtables::nlines(...)
38. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
39. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
40. └─rtables::get_formatted_cells(x)
41. ├─base::matrix(...)
42. ├─base::unlist(...)
43. └─base::Map(...)
44. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
45. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
46. └─rtables::format_rcell(...)
47. └─formatters::format_value(...)
48. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt04.R:5:3'): lbt04 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::lbt04_main(pre_data) at test-lbt04.R:5:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt04.R:21:3'): lbt04 can handle all NA values ─────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─base::cat(export_as_txt(res, lpp = 100))
2. └─formatters::export_as_txt(res, lpp = 100)
3. └─formatters::paginate_to_mpfs(...)
4. ├─formatters::matrix_form(...)
5. └─rtables::matrix_form(...)
6. └─rtables:::.tbl_header_mat(obj)
7. ├─base::matrix(...)
8. └─base::rapply(...)
9. └─rtables (local) `<fn>`(X, ...)
10. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
11. └─rtables::get_formatted_cells(x)
12. ├─base::matrix(...)
13. ├─base::unlist(...)
14. └─base::Map(...)
15. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
16. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
17. └─rtables::format_rcell(...)
18. └─formatters::format_value(...)
19. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt04.R:32:3'): lbt04 can handle missing levels ────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(lbt04, proc_data)) at test-lbt04.R:32:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(lbt04, proc_data)
10. ├─chevron::run(lbt04, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::make_row_df(...)
32. └─rtables::make_row_df(...)
33. └─rtables (local) .local(...)
34. ├─formatters::pagdfrow(...)
35. │ └─base::data.frame(...)
36. ├─formatters::nlines(...)
37. └─rtables::nlines(...)
38. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
39. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
40. └─rtables::get_formatted_cells(x)
41. ├─base::matrix(...)
42. ├─base::unlist(...)
43. └─base::Map(...)
44. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
45. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
46. └─rtables::format_rcell(...)
47. └─formatters::format_value(...)
48. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt04.R:41:3'): lbt04 can handle some NA values ────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(lbt04, proc_data)) at test-lbt04.R:41:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(lbt04, proc_data)
10. ├─chevron::run(lbt04, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::make_row_df(...)
32. └─rtables::make_row_df(...)
33. └─rtables (local) .local(...)
34. ├─formatters::pagdfrow(...)
35. │ └─base::data.frame(...)
36. ├─formatters::nlines(...)
37. └─rtables::nlines(...)
38. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
39. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
40. └─rtables::get_formatted_cells(x)
41. ├─base::matrix(...)
42. ├─base::unlist(...)
43. └─base::Map(...)
44. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
45. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
46. └─rtables::format_rcell(...)
47. └─formatters::format_value(...)
48. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt05.R:5:3'): lbt05 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::lbt05_main(pre_data) at test-lbt05.R:5:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::pagdfrow(...)
17. │ └─base::data.frame(...)
18. ├─formatters::nlines(...)
19. └─rtables::nlines(...)
20. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
21. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
22. └─rtables::get_formatted_cells(x)
23. ├─base::matrix(...)
24. ├─base::unlist(...)
25. └─base::Map(...)
26. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
27. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
28. └─rtables::format_rcell(...)
29. └─formatters::format_value(...)
30. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt05.R:22:3'): lbt05 give all 0 count if ANRIND are all missing ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─chevron::run(lbt05, proc_data, map = NULL) at test-lbt05.R:22:3
2. ├─chevron::run(lbt05, proc_data, map = NULL)
3. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
4. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
5. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, map = map)
6. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
7. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
8. ├─formatters::make_row_df(tt)
9. └─rtables::make_row_df(tt)
10. └─rtables (local) .local(...)
11. ├─formatters::make_row_df(...)
12. └─rtables::make_row_df(...)
13. └─rtables (local) .local(...)
14. ├─formatters::make_row_df(...)
15. └─rtables::make_row_df(...)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::make_row_df(...)
18. └─rtables::make_row_df(...)
19. └─rtables (local) .local(...)
20. ├─formatters::pagdfrow(...)
21. │ └─base::data.frame(...)
22. ├─formatters::nlines(...)
23. └─rtables::nlines(...)
24. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
25. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
26. └─rtables::get_formatted_cells(x)
27. ├─base::matrix(...)
28. ├─base::unlist(...)
29. └─base::Map(...)
30. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
31. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
32. └─rtables::format_rcell(...)
33. └─formatters::format_value(...)
34. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt05.R:37:3'): lbt05 can handle some NA values ────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(lbt05, proc_data)) at test-lbt05.R:37:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(lbt05, proc_data)
10. ├─chevron::run(lbt05, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::pagdfrow(...)
29. │ └─base::data.frame(...)
30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt05.R:54:3'): lbt05 works with missing levels ────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(lbt05, proc_data)) at test-lbt05.R:54:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(lbt05, proc_data)
10. ├─chevron::run(lbt05, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::pagdfrow(...)
29. │ └─base::data.frame(...)
30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt05.R:61:3'): map argument works as expected ─────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(lbt05, syn_data, map = map)) at test-lbt05.R:61:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(lbt05, syn_data, map = map)
10. ├─chevron::run(lbt05, syn_data, map = map)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, map = map)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::pagdfrow(...)
29. │ └─base::data.frame(...)
30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt05.R:68:3'): incomplete map argument works as expected ──────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(lbt05, syn_data, map = map)) at test-lbt05.R:68:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(lbt05, syn_data, map = map)
10. ├─chevron::run(lbt05, syn_data, map = map)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, map = map)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::pagdfrow(...)
29. │ └─base::data.frame(...)
30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt05.R:74:3'): prune_0 keeps the `Any Abnormaility` row ───────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(lbt05, syn_data, prune_0 = TRUE)) at test-lbt05.R:74:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(lbt05, syn_data, prune_0 = TRUE)
10. ├─chevron::run(lbt05, syn_data, prune_0 = TRUE)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, prune_0 = prune_0)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::pagdfrow(...)
29. │ └─base::data.frame(...)
30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt06.R:9:3'): lbt06 gives all 0 count if ANRIND and BNRIND are all missing ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::lbt06_main(df_pre) at test-lbt06.R:9:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt06.R:19:3'): lbt06 can handle some NA values ────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::lbt06_main(df_pre) at test-lbt06.R:19:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt07.R:5:3'): lbt07 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::lbt07_main(pre_data) at test-lbt07.R:5:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::pagdfrow(...)
17. │ └─base::data.frame(...)
18. ├─formatters::nlines(...)
19. └─rtables::nlines(...)
20. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
21. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
22. └─rtables::get_formatted_cells(x)
23. ├─base::matrix(...)
24. ├─base::unlist(...)
25. └─base::Map(...)
26. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
27. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
28. └─rtables::format_rcell(...)
29. └─formatters::format_value(...)
30. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt07.R:22:3'): lbt07 can handle some NA values ────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(lbt07, proc_data)) at test-lbt07.R:22:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(lbt07, proc_data)
10. ├─chevron::run(lbt07, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::pagdfrow(...)
29. │ └─base::data.frame(...)
30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt14.R:9:3'): lbt14 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::lbt14_main(pre_data) at test-lbt14.R:9:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt14.R:17:3'): lbt14 functions with default argument value return expected result with test data when direction = high ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::lbt14_main(pre_data, direction = "high") at test-lbt14.R:17:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt14.R:25:3'): lbt14 functions with `gr_missing = excl` return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::lbt14_main(pre_data) at test-lbt14.R:25:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt14.R:33:3'): lbt14 functions with `gr_missing = gr_0` return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::lbt14_main(pre_data) at test-lbt14.R:33:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt14.R:48:3'): lbt14 can handle all NA values ─────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(lbt14, proc_data)) at test-lbt14.R:48:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(lbt14, proc_data)
10. ├─chevron::run(lbt14, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::make_row_df(...)
32. └─rtables::make_row_df(...)
33. └─rtables (local) .local(...)
34. ├─formatters::pagdfrow(...)
35. │ └─base::data.frame(...)
36. ├─formatters::nlines(...)
37. └─rtables::nlines(...)
38. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
39. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
40. └─rtables::get_formatted_cells(x)
41. ├─base::matrix(...)
42. ├─base::unlist(...)
43. └─base::Map(...)
44. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
45. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
46. └─rtables::format_rcell(...)
47. └─formatters::format_value(...)
48. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt14.R:68:3'): lbt14 can handle some NA values ────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(lbt14, proc_data)) at test-lbt14.R:68:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(lbt14, proc_data)
10. ├─chevron::run(lbt14, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::make_row_df(...)
32. └─rtables::make_row_df(...)
33. └─rtables (local) .local(...)
34. ├─formatters::pagdfrow(...)
35. │ └─base::data.frame(...)
36. ├─formatters::nlines(...)
37. └─rtables::nlines(...)
38. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
39. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
40. └─rtables::get_formatted_cells(x)
41. ├─base::matrix(...)
42. ├─base::unlist(...)
43. └─base::Map(...)
44. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
45. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
46. └─rtables::format_rcell(...)
47. └─formatters::format_value(...)
48. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt14.R:74:3'): lbt14 can accept different gr_missing ──────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─chevron::run(lbt14, syn_lab, gr_missing = "incl") at test-lbt14.R:74:3
2. ├─chevron::run(lbt14, syn_lab, gr_missing = "incl")
3. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
4. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
5. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, gr_missing = gr_missing)
6. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
7. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
8. ├─formatters::make_row_df(tt)
9. └─rtables::make_row_df(tt)
10. └─rtables (local) .local(...)
11. ├─formatters::make_row_df(...)
12. └─rtables::make_row_df(...)
13. └─rtables (local) .local(...)
14. ├─formatters::make_row_df(...)
15. └─rtables::make_row_df(...)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::make_row_df(...)
18. └─rtables::make_row_df(...)
19. └─rtables (local) .local(...)
20. ├─formatters::make_row_df(...)
21. └─rtables::make_row_df(...)
22. └─rtables (local) .local(...)
23. ├─formatters::make_row_df(...)
24. └─rtables::make_row_df(...)
25. └─rtables (local) .local(...)
26. ├─formatters::pagdfrow(...)
27. │ └─base::data.frame(...)
28. ├─formatters::nlines(...)
29. └─rtables::nlines(...)
30. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
31. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
32. └─rtables::get_formatted_cells(x)
33. ├─base::matrix(...)
34. ├─base::unlist(...)
35. └─base::Map(...)
36. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
37. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
38. └─rtables::format_rcell(...)
39. └─formatters::format_value(...)
40. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt14.R:103:3'): lbt14 can handle all NA values with direction = high ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(lbt14, proc_data, direction = "high")) at test-lbt14.R:103:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(lbt14, proc_data, direction = "high")
10. ├─chevron::run(lbt14, proc_data, direction = "high")
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, direction = direction)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::make_row_df(...)
32. └─rtables::make_row_df(...)
33. └─rtables (local) .local(...)
34. ├─formatters::pagdfrow(...)
35. │ └─base::data.frame(...)
36. ├─formatters::nlines(...)
37. └─rtables::nlines(...)
38. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
39. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
40. └─rtables::get_formatted_cells(x)
41. ├─base::matrix(...)
42. ├─base::unlist(...)
43. └─base::Map(...)
44. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
45. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
46. └─rtables::format_rcell(...)
47. └─formatters::format_value(...)
48. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt14.R:123:3'): lbt14 can handle some NA values with direction = high ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(lbt14, proc_data, direction = "high")) at test-lbt14.R:123:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(lbt14, proc_data, direction = "high")
10. ├─chevron::run(lbt14, proc_data, direction = "high")
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, direction = direction)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::make_row_df(...)
32. └─rtables::make_row_df(...)
33. └─rtables (local) .local(...)
34. ├─formatters::pagdfrow(...)
35. │ └─base::data.frame(...)
36. ├─formatters::nlines(...)
37. └─rtables::nlines(...)
38. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
39. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
40. └─rtables::get_formatted_cells(x)
41. ├─base::matrix(...)
42. ├─base::unlist(...)
43. └─base::Map(...)
44. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
45. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
46. └─rtables::format_rcell(...)
47. └─formatters::format_value(...)
48. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt14.R:130:3'): lbt14 can accept different gr_missing with direction = high ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─chevron::run(lbt14, proc_data, gr_missing = "incl", direction = "high") at test-lbt14.R:130:3
2. ├─chevron::run(lbt14, proc_data, gr_missing = "incl", direction = "high")
3. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
4. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
5. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, gr_missing = gr_missing, direction = direction)
6. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
7. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
8. ├─formatters::make_row_df(tt)
9. └─rtables::make_row_df(tt)
10. └─rtables (local) .local(...)
11. ├─formatters::make_row_df(...)
12. └─rtables::make_row_df(...)
13. └─rtables (local) .local(...)
14. ├─formatters::make_row_df(...)
15. └─rtables::make_row_df(...)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::make_row_df(...)
18. └─rtables::make_row_df(...)
19. └─rtables (local) .local(...)
20. ├─formatters::make_row_df(...)
21. └─rtables::make_row_df(...)
22. └─rtables (local) .local(...)
23. ├─formatters::make_row_df(...)
24. └─rtables::make_row_df(...)
25. └─rtables (local) .local(...)
26. ├─formatters::pagdfrow(...)
27. │ └─base::data.frame(...)
28. ├─formatters::nlines(...)
29. └─rtables::nlines(...)
30. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
31. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
32. └─rtables::get_formatted_cells(x)
33. ├─base::matrix(...)
34. ├─base::unlist(...)
35. └─base::Map(...)
36. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
37. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
38. └─rtables::format_rcell(...)
39. └─formatters::format_value(...)
40. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt15.R:5:3'): lbt15 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::lbt04_main(pre_data) at test-lbt15.R:5:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt15.R:20:3'): lbt15 can handle all NA values ─────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(lbt15, proc_data)) at test-lbt15.R:20:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(lbt15, proc_data)
10. ├─chevron::run(lbt15, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::make_row_df(...)
32. └─rtables::make_row_df(...)
33. └─rtables (local) .local(...)
34. ├─formatters::pagdfrow(...)
35. │ └─base::data.frame(...)
36. ├─formatters::nlines(...)
37. └─rtables::nlines(...)
38. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
39. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
40. └─rtables::get_formatted_cells(x)
41. ├─base::matrix(...)
42. ├─base::unlist(...)
43. └─base::Map(...)
44. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
45. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
46. └─rtables::format_rcell(...)
47. └─formatters::format_value(...)
48. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt15.R:32:3'): lbt15 can handle missing levels ────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(lbt15, proc_data)) at test-lbt15.R:32:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(lbt15, proc_data)
10. ├─chevron::run(lbt15, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::make_row_df(...)
32. └─rtables::make_row_df(...)
33. └─rtables (local) .local(...)
34. ├─formatters::pagdfrow(...)
35. │ └─base::data.frame(...)
36. ├─formatters::nlines(...)
37. └─rtables::nlines(...)
38. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
39. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
40. └─rtables::get_formatted_cells(x)
41. ├─base::matrix(...)
42. ├─base::unlist(...)
43. └─base::Map(...)
44. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
45. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
46. └─rtables::format_rcell(...)
47. └─formatters::format_value(...)
48. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt15.R:44:3'): lbt15 can handle missing levels in baseline ────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(lbt15, proc_data)) at test-lbt15.R:44:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(lbt15, proc_data)
10. ├─chevron::run(lbt15, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::make_row_df(...)
32. └─rtables::make_row_df(...)
33. └─rtables (local) .local(...)
34. ├─formatters::pagdfrow(...)
35. │ └─base::data.frame(...)
36. ├─formatters::nlines(...)
37. └─rtables::nlines(...)
38. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
39. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
40. └─rtables::get_formatted_cells(x)
41. ├─base::matrix(...)
42. ├─base::unlist(...)
43. └─base::Map(...)
44. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
45. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
46. └─rtables::format_rcell(...)
47. └─formatters::format_value(...)
48. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt15.R:53:3'): lbt15 can handle some NA values ────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(lbt15, proc_data)) at test-lbt15.R:53:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(lbt15, proc_data)
10. ├─chevron::run(lbt15, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::make_row_df(...)
32. └─rtables::make_row_df(...)
33. └─rtables (local) .local(...)
34. ├─formatters::pagdfrow(...)
35. │ └─base::data.frame(...)
36. ├─formatters::nlines(...)
37. └─rtables::nlines(...)
38. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
39. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
40. └─rtables::get_formatted_cells(x)
41. ├─base::matrix(...)
42. ├─base::unlist(...)
43. └─base::Map(...)
44. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
45. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
46. └─rtables::format_rcell(...)
47. └─formatters::format_value(...)
48. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-lbt15.R:62:3'): lbt15 can handle some NA values in baseline ────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(lbt15, proc_data)) at test-lbt15.R:62:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(lbt15, proc_data)
10. ├─chevron::run(lbt15, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adlb, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::make_row_df(...)
32. └─rtables::make_row_df(...)
33. └─rtables (local) .local(...)
34. ├─formatters::pagdfrow(...)
35. │ └─base::data.frame(...)
36. ├─formatters::nlines(...)
37. └─rtables::nlines(...)
38. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
39. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
40. └─rtables::get_formatted_cells(x)
41. ├─base::matrix(...)
42. ├─base::unlist(...)
43. └─base::Map(...)
44. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
45. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
46. └─rtables::format_rcell(...)
47. └─formatters::format_value(...)
48. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-mht01.R:5:3'): mht01 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::mht01_main(pre_data) at test-mht01.R:5:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$admh, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::pagdfrow(...)
14. │ └─base::data.frame(...)
15. ├─formatters::nlines(...)
16. └─rtables::nlines(...)
17. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
18. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
19. └─rtables::get_formatted_cells(x)
20. ├─base::matrix(...)
21. ├─base::unlist(...)
22. └─base::Map(...)
23. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
24. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
25. └─rtables::format_rcell(...)
26. └─formatters::format_value(...)
27. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-mht01.R:15:3'): mht01 works ────────────────────────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─chevron::run(mht01, proc_data) at test-mht01.R:15:3
2. ├─chevron::run(mht01, proc_data)
3. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
4. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
5. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
6. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$admh, alt_counts_df = adam_db$adsl)
7. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
8. ├─formatters::make_row_df(tt)
9. └─rtables::make_row_df(tt)
10. └─rtables (local) .local(...)
11. ├─formatters::make_row_df(...)
12. └─rtables::make_row_df(...)
13. └─rtables (local) .local(...)
14. ├─formatters::make_row_df(...)
15. └─rtables::make_row_df(...)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::pagdfrow(...)
18. │ └─base::data.frame(...)
19. ├─formatters::nlines(...)
20. └─rtables::nlines(...)
21. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
22. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
23. └─rtables::get_formatted_cells(x)
24. ├─base::matrix(...)
25. ├─base::unlist(...)
26. └─base::Map(...)
27. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
28. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
29. └─rtables::format_rcell(...)
30. └─formatters::format_value(...)
31. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-mht01.R:22:3'): mht01 works on NULL in lbl_mhbodsys or lbl_mhdecod ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─chevron::run(mht01, proc_data, lbl_mhbodsys = NULL, lbl_mhdecod = NULL) at test-mht01.R:22:3
2. ├─chevron::run(mht01, proc_data, lbl_mhbodsys = NULL, lbl_mhdecod = NULL)
3. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
4. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
5. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, lbl_mhbodsys = lbl_mhbodsys, lbl_mhdecod = lbl_mhdecod)
6. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$admh, alt_counts_df = adam_db$adsl)
7. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
8. ├─formatters::make_row_df(tt)
9. └─rtables::make_row_df(tt)
10. └─rtables (local) .local(...)
11. ├─formatters::make_row_df(...)
12. └─rtables::make_row_df(...)
13. └─rtables (local) .local(...)
14. ├─formatters::make_row_df(...)
15. └─rtables::make_row_df(...)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::pagdfrow(...)
18. │ └─base::data.frame(...)
19. ├─formatters::nlines(...)
20. └─rtables::nlines(...)
21. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
22. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
23. └─rtables::get_formatted_cells(x)
24. ├─base::matrix(...)
25. ├─base::unlist(...)
26. └─base::Map(...)
27. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
28. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
29. └─rtables::format_rcell(...)
30. └─formatters::format_value(...)
31. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-mht01.R:29:3'): mht01 works with other row_split_var ───────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─chevron::run(mht01, proc_data, row_split_var = c("SEX", "ETHNIC")) at test-mht01.R:29:3
2. ├─chevron::run(mht01, proc_data, row_split_var = c("SEX", "ETHNIC"))
3. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
4. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
5. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, row_split_var = row_split_var)
6. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$admh, alt_counts_df = adam_db$adsl)
7. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
8. ├─formatters::make_row_df(tt)
9. └─rtables::make_row_df(tt)
10. └─rtables (local) .local(...)
11. ├─formatters::make_row_df(...)
12. └─rtables::make_row_df(...)
13. └─rtables (local) .local(...)
14. ├─formatters::make_row_df(...)
15. └─rtables::make_row_df(...)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::pagdfrow(...)
18. │ └─base::data.frame(...)
19. ├─formatters::nlines(...)
20. └─rtables::nlines(...)
21. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
22. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
23. └─rtables::get_formatted_cells(x)
24. ├─base::matrix(...)
25. ├─base::unlist(...)
26. └─base::Map(...)
27. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
28. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
29. └─rtables::format_rcell(...)
30. └─formatters::format_value(...)
31. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-mng01.R:6:5'): mng01 works as expected with default argument values ──
Error in `dplyr::summarise(., h_format_row(x = sfun(.data[[y]], ...)[table], format = table_format, labels = table_labels), .groups = "drop")`: i In argument: `h_format_row(...)`.
i In group 1: `ACTARM = A: Drug X` `AVISIT = BASELINE`.
Caused by error in `match.arg()`:
! 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─withr::with_options(...) at test-mng01.R:4:3
2. │ └─base::force(code)
3. ├─chevron::mng01_main(pre_data, dataset = "adlb") at test-mng01.R:6:5
4. │ └─base::lapply(...)
5. │ └─tern (local) FUN(X[[i]], ...)
6. │ └─df_grp %>% ...
7. ├─dplyr::summarise(...)
8. ├─dplyr:::summarise.grouped_df(...)
9. │ └─dplyr:::summarise_cols(.data, dplyr_quosures(...), by, "summarise")
10. │ ├─base::withCallingHandlers(...)
11. │ └─dplyr:::map(quosures, summarise_eval_one, mask = mask)
12. │ └─base::lapply(.x, .f, ...)
13. │ └─dplyr (local) FUN(X[[i]], ...)
14. │ └─mask$eval_all_summarise(quo)
15. │ └─dplyr (local) eval()
16. ├─tern::h_format_row(...)
17. │ ├─base::do.call(...)
18. │ └─base::lapply(...)
19. │ └─tern (local) FUN(X[[i]], ...)
20. │ └─tern (local) format_cell(x[[xn]], format = format[[xn]], label = labels[xn])
21. │ └─rtables::format_rcell(x = x, format = format)
22. │ └─formatters::format_value(...)
23. │ └─base::match.arg(round_type)
24. │ └─base::stop(gettextf("'%s' must be of length 1", "arg"), domain = NA)
25. └─base::.handleSimpleError(...)
26. └─dplyr (local) h(simpleError(msg, call))
27. └─dplyr (local) handler(cnd)
28. └─rlang::abort(message, class = error_class, parent = parent, call = error_call)
── Error ('test-mng01.R:25:5'): mng01 works as expected with custom argument values ──
Error in `dplyr::summarise(., h_format_row(x = sfun(.data[[y]], ...)[table], format = table_format, labels = table_labels), .groups = "drop")`: i In argument: `h_format_row(...)`.
i In group 1: `ACTARM = A: Drug X` `AVISIT = BASELINE`.
Caused by error in `match.arg()`:
! 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─withr::with_options(...) at test-mng01.R:16:3
2. │ └─base::force(code)
3. ├─chevron::mng01_main(...) at test-mng01.R:25:5
4. │ └─base::lapply(...)
5. │ └─tern (local) FUN(X[[i]], ...)
6. │ └─df_grp %>% ...
7. ├─dplyr::summarise(...)
8. ├─dplyr:::summarise.grouped_df(...)
9. │ └─dplyr:::summarise_cols(.data, dplyr_quosures(...), by, "summarise")
10. │ ├─base::withCallingHandlers(...)
11. │ └─dplyr:::map(quosures, summarise_eval_one, mask = mask)
12. │ └─base::lapply(.x, .f, ...)
13. │ └─dplyr (local) FUN(X[[i]], ...)
14. │ └─mask$eval_all_summarise(quo)
15. │ └─dplyr (local) eval()
16. ├─tern::h_format_row(...)
17. │ ├─base::do.call(...)
18. │ └─base::lapply(...)
19. │ └─tern (local) FUN(X[[i]], ...)
20. │ └─tern (local) format_cell(x[[xn]], format = format[[xn]], label = labels[xn])
21. │ └─rtables::format_rcell(x = x, format = format)
22. │ └─formatters::format_value(...)
23. │ └─base::match.arg(round_type)
24. │ └─base::stop(gettextf("'%s' must be of length 1", "arg"), domain = NA)
25. └─base::.handleSimpleError(...)
26. └─dplyr (local) h(simpleError(msg, call))
27. └─dplyr (local) handler(cnd)
28. └─rlang::abort(message, class = error_class, parent = parent, call = error_call)
── Error ('test-mng01.R:63:5'): mng01 works as expected with custom color set ──
Error in `dplyr::summarise(., h_format_row(x = sfun(.data[[y]], ...)[table], format = table_format, labels = table_labels), .groups = "drop")`: i In argument: `h_format_row(...)`.
i In group 1: `ACTARM = A: Drug X` `AVISIT = BASELINE`.
Caused by error in `match.arg()`:
! 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─withr::with_options(...) at test-mng01.R:55:3
2. │ └─base::force(code)
3. ├─chevron::run(mng01, proc_data, dataset = "adlb", line_col = col) at test-mng01.R:63:5
4. ├─chevron::run(mng01, proc_data, dataset = "adlb", line_col = col)
5. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
6. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
7. ├─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, dataset = dataset, line_col = line_col)
8. │ └─base::lapply(...)
9. │ └─tern (local) FUN(X[[i]], ...)
10. │ └─df_grp %>% ...
11. ├─dplyr::summarise(...)
12. ├─dplyr:::summarise.grouped_df(...)
13. │ └─dplyr:::summarise_cols(.data, dplyr_quosures(...), by, "summarise")
14. │ ├─base::withCallingHandlers(...)
15. │ └─dplyr:::map(quosures, summarise_eval_one, mask = mask)
16. │ └─base::lapply(.x, .f, ...)
17. │ └─dplyr (local) FUN(X[[i]], ...)
18. │ └─mask$eval_all_summarise(quo)
19. │ └─dplyr (local) eval()
20. ├─tern::h_format_row(...)
21. │ ├─base::do.call(...)
22. │ └─base::lapply(...)
23. │ └─tern (local) FUN(X[[i]], ...)
24. │ └─tern (local) format_cell(x[[xn]], format = format[[xn]], label = labels[xn])
25. │ └─rtables::format_rcell(x = x, format = format)
26. │ └─formatters::format_value(...)
27. │ └─base::match.arg(round_type)
28. │ └─base::stop(gettextf("'%s' must be of length 1", "arg"), domain = NA)
29. └─base::.handleSimpleError(...)
30. └─dplyr (local) h(simpleError(msg, call))
31. └─dplyr (local) handler(cnd)
32. └─rlang::abort(message, class = error_class, parent = parent, call = error_call)
── Error ('test-mng01.R:85:5'): mng01 works as expected with custom line type set ──
Error in `dplyr::summarise(., h_format_row(x = sfun(.data[[y]], ...)[table], format = table_format, labels = table_labels), .groups = "drop")`: i In argument: `h_format_row(...)`.
i In group 1: `ACTARM = A: Drug X` `AVISIT = BASELINE`.
Caused by error in `match.arg()`:
! 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─withr::with_options(...) at test-mng01.R:77:3
2. │ └─base::force(code)
3. ├─chevron::run(mng01, proc_data, dataset = "adlb", line_type = lty) at test-mng01.R:85:5
4. ├─chevron::run(mng01, proc_data, dataset = "adlb", line_type = lty)
5. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
6. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
7. ├─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, dataset = dataset, line_type = line_type)
8. │ └─base::lapply(...)
9. │ └─tern (local) FUN(X[[i]], ...)
10. │ └─df_grp %>% ...
11. ├─dplyr::summarise(...)
12. ├─dplyr:::summarise.grouped_df(...)
13. │ └─dplyr:::summarise_cols(.data, dplyr_quosures(...), by, "summarise")
14. │ ├─base::withCallingHandlers(...)
15. │ └─dplyr:::map(quosures, summarise_eval_one, mask = mask)
16. │ └─base::lapply(.x, .f, ...)
17. │ └─dplyr (local) FUN(X[[i]], ...)
18. │ └─mask$eval_all_summarise(quo)
19. │ └─dplyr (local) eval()
20. ├─tern::h_format_row(...)
21. │ ├─base::do.call(...)
22. │ └─base::lapply(...)
23. │ └─tern (local) FUN(X[[i]], ...)
24. │ └─tern (local) format_cell(x[[xn]], format = format[[xn]], label = labels[xn])
25. │ └─rtables::format_rcell(x = x, format = format)
26. │ └─formatters::format_value(...)
27. │ └─base::match.arg(round_type)
28. │ └─base::stop(gettextf("'%s' must be of length 1", "arg"), domain = NA)
29. └─base::.handleSimpleError(...)
30. └─dplyr (local) h(simpleError(msg, call))
31. └─dplyr (local) handler(cnd)
32. └─rlang::abort(message, class = error_class, parent = parent, call = error_call)
── Error ('test-mng01.R:113:5'): mng01 works with combination of x variables ───
Error in `dplyr::summarise(., h_format_row(x = sfun(.data[[y]], ...)[table], format = table_format, labels = table_labels), .groups = "drop")`: i In argument: `h_format_row(...)`.
i In group 1: `ACTARM = A: Drug X` `AVISIT_AVISITN = BASELINE_0`.
Caused by error in `match.arg()`:
! 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─withr::with_options(...) at test-mng01.R:111:3
2. │ └─base::force(code)
3. ├─chevron::run(...) at test-mng01.R:113:5
4. ├─chevron::run(...)
5. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
6. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
7. ├─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, dataset = dataset, x_var = x_var)
8. │ └─base::lapply(...)
9. │ └─tern (local) FUN(X[[i]], ...)
10. │ └─df_grp %>% ...
11. ├─dplyr::summarise(...)
12. ├─dplyr:::summarise.grouped_df(...)
13. │ └─dplyr:::summarise_cols(.data, dplyr_quosures(...), by, "summarise")
14. │ ├─base::withCallingHandlers(...)
15. │ └─dplyr:::map(quosures, summarise_eval_one, mask = mask)
16. │ └─base::lapply(.x, .f, ...)
17. │ └─dplyr (local) FUN(X[[i]], ...)
18. │ └─mask$eval_all_summarise(quo)
19. │ └─dplyr (local) eval()
20. ├─tern::h_format_row(...)
21. │ ├─base::do.call(...)
22. │ └─base::lapply(...)
23. │ └─tern (local) FUN(X[[i]], ...)
24. │ └─tern (local) format_cell(x[[xn]], format = format[[xn]], label = labels[xn])
25. │ └─rtables::format_rcell(x = x, format = format)
26. │ └─formatters::format_value(...)
27. │ └─base::match.arg(round_type)
28. │ └─base::stop(gettextf("'%s' must be of length 1", "arg"), domain = NA)
29. └─base::.handleSimpleError(...)
30. └─dplyr (local) h(simpleError(msg, call))
31. └─dplyr (local) handler(cnd)
32. └─rlang::abort(message, class = error_class, parent = parent, call = error_call)
── Error ('test-mng01.R:134:5'): mng01 works with numeric x variable ───────────
Error in `dplyr::summarise(., h_format_row(x = sfun(.data[[y]], ...)[table], format = table_format, labels = table_labels), .groups = "drop")`: i In argument: `h_format_row(...)`.
i In group 1: `ACTARM = A: Drug X` `AVISITN = -3`.
Caused by error in `match.arg()`:
! 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─withr::with_options(...) at test-mng01.R:129:3
2. │ └─base::force(code)
3. ├─chevron::run(mng01, proc_data, dataset = "adlb", x_var = c("AVISITN")) at test-mng01.R:134:5
4. ├─chevron::run(mng01, proc_data, dataset = "adlb", x_var = c("AVISITN"))
5. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
6. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
7. ├─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, dataset = dataset, x_var = x_var)
8. │ └─base::lapply(...)
9. │ └─tern (local) FUN(X[[i]], ...)
10. │ └─df_grp %>% ...
11. ├─dplyr::summarise(...)
12. ├─dplyr:::summarise.grouped_df(...)
13. │ └─dplyr:::summarise_cols(.data, dplyr_quosures(...), by, "summarise")
14. │ ├─base::withCallingHandlers(...)
15. │ └─dplyr:::map(quosures, summarise_eval_one, mask = mask)
16. │ └─base::lapply(.x, .f, ...)
17. │ └─dplyr (local) FUN(X[[i]], ...)
18. │ └─mask$eval_all_summarise(quo)
19. │ └─dplyr (local) eval()
20. ├─tern::h_format_row(...)
21. │ ├─base::do.call(...)
22. │ └─base::lapply(...)
23. │ └─tern (local) FUN(X[[i]], ...)
24. │ └─tern (local) format_cell(x[[xn]], format = format[[xn]], label = labels[xn])
25. │ └─rtables::format_rcell(x = x, format = format)
26. │ └─formatters::format_value(...)
27. │ └─base::match.arg(round_type)
28. │ └─base::stop(gettextf("'%s' must be of length 1", "arg"), domain = NA)
29. └─base::.handleSimpleError(...)
30. └─dplyr (local) h(simpleError(msg, call))
31. └─dplyr (local) handler(cnd)
32. └─rlang::abort(message, class = error_class, parent = parent, call = error_call)
── Error ('test-mng01.R:153:5'): mng01 works with numeric jitter ───────────────
Error in `dplyr::summarise(., h_format_row(x = sfun(.data[[y]], ...)[table], format = table_format, labels = table_labels), .groups = "drop")`: i In argument: `h_format_row(...)`.
i In group 1: `ACTARM = A: Drug X` `AVISIT = BASELINE`.
Caused by error in `match.arg()`:
! 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─withr::with_options(...) at test-mng01.R:150:3
2. │ └─base::force(code)
3. ├─chevron::run(mng01, proc_data, dataset = "adlb", jitter = 0.7) at test-mng01.R:153:5
4. ├─chevron::run(mng01, proc_data, dataset = "adlb", jitter = 0.7)
5. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
6. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
7. ├─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, dataset = dataset, jitter = jitter)
8. │ └─base::lapply(...)
9. │ └─tern (local) FUN(X[[i]], ...)
10. │ └─df_grp %>% ...
11. ├─dplyr::summarise(...)
12. ├─dplyr:::summarise.grouped_df(...)
13. │ └─dplyr:::summarise_cols(.data, dplyr_quosures(...), by, "summarise")
14. │ ├─base::withCallingHandlers(...)
15. │ └─dplyr:::map(quosures, summarise_eval_one, mask = mask)
16. │ └─base::lapply(.x, .f, ...)
17. │ └─dplyr (local) FUN(X[[i]], ...)
18. │ └─mask$eval_all_summarise(quo)
19. │ └─dplyr (local) eval()
20. ├─tern::h_format_row(...)
21. │ ├─base::do.call(...)
22. │ └─base::lapply(...)
23. │ └─tern (local) FUN(X[[i]], ...)
24. │ └─tern (local) format_cell(x[[xn]], format = format[[xn]], label = labels[xn])
25. │ └─rtables::format_rcell(x = x, format = format)
26. │ └─formatters::format_value(...)
27. │ └─base::match.arg(round_type)
28. │ └─base::stop(gettextf("'%s' must be of length 1", "arg"), domain = NA)
29. └─base::.handleSimpleError(...)
30. └─dplyr (local) h(simpleError(msg, call))
31. └─dplyr (local) handler(cnd)
32. └─rlang::abort(message, class = error_class, parent = parent, call = error_call)
── Error ('test-pdt01.R:5:3'): pdt01 function with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::pdt01_main(pre_data) at test-pdt01.R:5:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$addv, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::pagdfrow(...)
14. │ └─base::data.frame(...)
15. ├─formatters::nlines(...)
16. └─rtables::nlines(...)
17. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
18. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
19. └─rtables::get_formatted_cells(x)
20. ├─base::matrix(...)
21. ├─base::unlist(...)
22. └─base::Map(...)
23. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
24. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
25. └─rtables::format_rcell(...)
26. └─formatters::format_value(...)
27. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-pdt01.R:21:3'): pdt01 can handle all NA values ─────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(pdt01, proc_data)) at test-pdt01.R:21:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(pdt01, proc_data)
10. ├─chevron::run(pdt01, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$addv, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-pdt01.R:37:3'): pdt01 can handle some NA values ────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(pdt01, proc_data)) at test-pdt01.R:37:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(pdt01, proc_data)
10. ├─chevron::run(pdt01, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$addv, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-pdt02.R:5:3'): pdt02 function with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::pdt02_main(pre_data) at test-pdt02.R:5:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$addv, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::pagdfrow(...)
14. │ └─base::data.frame(...)
15. ├─formatters::nlines(...)
16. └─rtables::nlines(...)
17. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
18. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
19. └─rtables::get_formatted_cells(x)
20. ├─base::matrix(...)
21. ├─base::unlist(...)
22. └─base::Map(...)
23. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
24. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
25. └─rtables::format_rcell(...)
26. └─formatters::format_value(...)
27. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-pdt02.R:21:3'): pdt02 can handle all NA values ─────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(pdt02, proc_data)) at test-pdt02.R:21:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(pdt02, proc_data)
10. ├─chevron::run(pdt02, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$addv, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-pdt02.R:37:3'): pdt02 can handle some NA values ────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(pdt02, proc_data)) at test-pdt02.R:37:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(pdt02, proc_data)
10. ├─chevron::run(pdt02, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$addv, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-report_null.R:10:3'): report_null works as expected with `VTableTree` ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─rtables::build_table(lyt, iris) at test-report_null.R:10:3
2. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
3. ├─formatters::make_row_df(tt)
4. └─rtables::make_row_df(tt)
5. └─rtables (local) .local(...)
6. ├─formatters::make_row_df(...)
7. └─rtables::make_row_df(...)
8. └─rtables (local) .local(...)
9. ├─formatters::pagdfrow(...)
10. │ └─base::data.frame(...)
11. ├─formatters::nlines(...)
12. └─rtables::nlines(...)
13. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
14. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
15. └─rtables::get_formatted_cells(x)
16. ├─base::matrix(...)
17. ├─base::unlist(...)
18. └─base::Map(...)
19. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
20. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
21. └─rtables::format_rcell(...)
22. └─formatters::format_value(...)
23. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rmpt01.R:5:3'): rmpt01 function with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::rmpt01_main(pre_data) at test-rmpt01.R:5:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::pagdfrow(...)
11. │ └─base::data.frame(...)
12. ├─formatters::nlines(...)
13. └─rtables::nlines(...)
14. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
15. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
16. └─rtables::get_formatted_cells(x)
17. ├─base::matrix(...)
18. ├─base::unlist(...)
19. └─base::Map(...)
20. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
21. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
22. └─rtables::format_rcell(...)
23. └─formatters::format_value(...)
24. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rmpt01.R:17:3'): rmpt01 can handle NA values ───────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(rmpt01, proc_data)) at test-rmpt01.R:17:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(rmpt01, proc_data)
10. ├─chevron::run(rmpt01, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rmpt01.R:32:3'): rmpt01 can handle some NA values ──────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(rmpt01, proc_data)) at test-rmpt01.R:32:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(rmpt01, proc_data)
10. ├─chevron::run(rmpt01, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rmpt03.R:8:3'): rmpt03 function with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::rmpt03_main(pre_data) at test-rmpt03.R:8:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::pagdfrow(...)
11. │ └─base::data.frame(...)
12. ├─formatters::nlines(...)
13. └─rtables::nlines(...)
14. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
15. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
16. └─rtables::get_formatted_cells(x)
17. ├─base::matrix(...)
18. ├─base::unlist(...)
19. └─base::Map(...)
20. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
21. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
22. └─rtables::format_rcell(...)
23. └─formatters::format_value(...)
24. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rmpt03.R:22:3'): rmpt03 can handle NA values ───────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(rmpt03, proc_data)) at test-rmpt03.R:22:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(rmpt03, proc_data)
10. ├─chevron::run(rmpt03, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rmpt03.R:39:3'): rmpt03 can handle some NA values ──────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(rmpt03, proc_data)) at test-rmpt03.R:39:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(rmpt03, proc_data)
10. ├─chevron::run(rmpt03, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rmpt04.R:5:3'): rmpt04 function with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::rmpt04_main(pre_data) at test-rmpt04.R:5:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::pagdfrow(...)
11. │ └─base::data.frame(...)
12. ├─formatters::nlines(...)
13. └─rtables::nlines(...)
14. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
15. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
16. └─rtables::get_formatted_cells(x)
17. ├─base::matrix(...)
18. ├─base::unlist(...)
19. └─base::Map(...)
20. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
21. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
22. └─rtables::format_rcell(...)
23. └─formatters::format_value(...)
24. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rmpt04.R:17:3'): rmpt04 can handle NA values ───────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(rmpt04, proc_data)) at test-rmpt04.R:17:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(rmpt04, proc_data)
10. ├─chevron::run(rmpt04, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rmpt04.R:35:3'): rmpt04 can handle some NA values ──────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(rmpt04, proc_data)) at test-rmpt04.R:35:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(rmpt04, proc_data)
10. ├─chevron::run(rmpt04, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rmpt05.R:5:3'): rmpt05 function with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::rmpt05_main(pre_data) at test-rmpt05.R:5:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::pagdfrow(...)
11. │ └─base::data.frame(...)
12. ├─formatters::nlines(...)
13. └─rtables::nlines(...)
14. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
15. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
16. └─rtables::get_formatted_cells(x)
17. ├─base::matrix(...)
18. ├─base::unlist(...)
19. └─base::Map(...)
20. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
21. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
22. └─rtables::format_rcell(...)
23. └─formatters::format_value(...)
24. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rmpt05.R:17:3'): rmpt05 can handle NA values ───────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(rmpt05, proc_data)) at test-rmpt05.R:17:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(rmpt05, proc_data)
10. ├─chevron::run(rmpt05, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rmpt05.R:35:3'): rmpt05 can handle some NA values ──────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(rmpt05, proc_data)) at test-rmpt05.R:35:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(rmpt05, proc_data)
10. ├─chevron::run(rmpt05, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adex, alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rmpt06.R:4:3'): rmpt06 works as expected ───────────────────────
Error in `h(simpleError(msg, call))`: error in evaluating the argument 'tlg' in selecting a method for function 'report_null': 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─rmpt06_pre(syn_data) %>% rmpt06_main() %>% rmpt01_post() at test-rmpt06.R:4:3
2. ├─chevron::rmpt01_post(.)
3. │ └─chevron::std_postprocessing(tlg)
4. │ └─chevron::report_null(tlg, ...)
5. ├─chevron::rmpt06_main(.)
6. │ └─rtables::build_table(lyt$adsl, adam_db$adsl)
7. │ └─rtables::update_ref_indexing(tab)
8. │ ├─formatters::make_row_df(tt)
9. │ └─rtables::make_row_df(tt)
10. │ └─rtables (local) .local(...)
11. │ ├─formatters::make_row_df(...)
12. │ └─rtables::make_row_df(...)
13. │ └─rtables (local) .local(...)
14. │ ├─formatters::pagdfrow(...)
15. │ │ └─base::data.frame(...)
16. │ ├─formatters::nlines(...)
17. │ └─rtables::nlines(...)
18. │ ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
19. │ ├─rtables::get_formatted_cells(x)
20. │ └─rtables::get_formatted_cells(x)
21. │ ├─base::matrix(...)
22. │ ├─base::unlist(...)
23. │ └─base::Map(...)
24. │ └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
25. │ └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
26. │ └─rtables::format_rcell(...)
27. │ └─formatters::format_value(...)
28. │ └─base::match.arg(round_type)
29. │ └─base::stop(gettextf("'%s' must be of length 1", "arg"), domain = NA)
30. └─base::.handleSimpleError(...)
31. └─base (local) h(simpleError(msg, call))
── Error ('test-rmpt06.R:13:3'): rmpt06 works as expected with show_diff = TRUE ──
Error in `h(simpleError(msg, call))`: error in evaluating the argument 'tlg' in selecting a method for function 'report_null': 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─... %>% rmpt01_post() at test-rmpt06.R:13:3
2. ├─chevron::rmpt01_post(.)
3. │ └─chevron::std_postprocessing(tlg)
4. │ └─chevron::report_null(tlg, ...)
5. ├─chevron::rmpt06_main(., show_diff = TRUE)
6. │ └─rtables::build_table(lyt$adsl, adam_db$adsl)
7. │ └─rtables::update_ref_indexing(tab)
8. │ ├─formatters::make_row_df(tt)
9. │ └─rtables::make_row_df(tt)
10. │ └─rtables (local) .local(...)
11. │ ├─formatters::make_row_df(...)
12. │ └─rtables::make_row_df(...)
13. │ └─rtables (local) .local(...)
14. │ ├─formatters::make_row_df(...)
15. │ └─rtables::make_row_df(...)
16. │ └─rtables (local) .local(...)
17. │ ├─formatters::pagdfrow(...)
18. │ │ └─base::data.frame(...)
19. │ ├─formatters::nlines(...)
20. │ └─rtables::nlines(...)
21. │ ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
22. │ ├─rtables::get_formatted_cells(x)
23. │ └─rtables::get_formatted_cells(x)
24. │ ├─base::matrix(...)
25. │ ├─base::unlist(...)
26. │ └─base::Map(...)
27. │ └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
28. │ └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
29. │ └─rtables::format_rcell(...)
30. │ └─formatters::format_value(...)
31. │ └─base::match.arg(round_type)
32. │ └─base::stop(gettextf("'%s' must be of length 1", "arg"), domain = NA)
33. └─base::.handleSimpleError(...)
34. └─base (local) h(simpleError(msg, call))
── Error ('test-rmpt06.R:30:3'): rmpt06 can handle all NA values ───────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(rmpt06, proc_data)) at test-rmpt06.R:30:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(rmpt06, proc_data)
10. ├─chevron::run(rmpt06, proc_data)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
14. └─rtables::build_table(lyt$adsl, adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rspt01.R:4:3'): rspt01 works as expected ───────────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-rspt01.R:4:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. └─chevron::rspt01_main(pre_data, dataset = "adrs", methods = list(diff_pval_method = "fisher"))
10. └─rtables::build_table(lyt, adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
11. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
12. ├─formatters::make_row_df(tt)
13. └─rtables::make_row_df(tt)
14. └─rtables (local) .local(...)
15. ├─formatters::make_row_df(...)
16. └─rtables::make_row_df(...)
17. └─rtables (local) .local(...)
18. ├─formatters::make_row_df(...)
19. └─rtables::make_row_df(...)
20. └─rtables (local) .local(...)
21. ├─formatters::make_row_df(...)
22. └─rtables::make_row_df(...)
23. └─rtables (local) .local(...)
24. ├─formatters::pagdfrow(...)
25. │ └─base::data.frame(...)
26. ├─formatters::nlines(...)
27. └─rtables::nlines(...)
28. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
29. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
30. └─rtables::get_formatted_cells(x)
31. ├─base::matrix(...)
32. ├─base::unlist(...)
33. └─base::Map(...)
34. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
35. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
36. └─rtables::format_rcell(...)
37. └─formatters::format_value(...)
38. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rspt01.R:11:3'): rspt01 works as expected for stratified and unstratified analysis ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-rspt01.R:11:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(...)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::pagdfrow(...)
29. │ └─base::data.frame(...)
30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rspt01.R:32:3'): rspt01 works as expected for unstratified analysis only ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-rspt01.R:32:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(...)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::pagdfrow(...)
29. │ └─base::data.frame(...)
30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rspt01.R:51:3'): rspt01 works as expected for stratified analysis only ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-rspt01.R:51:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(...)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::pagdfrow(...)
29. │ └─base::data.frame(...)
30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rspt01.R:72:3'): rspt01 works if change reference group ────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-rspt01.R:72:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(...)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::pagdfrow(...)
29. │ └─base::data.frame(...)
30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rspt01.R:93:3'): rspt01 works if change statistic methods ──────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-rspt01.R:93:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(...)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::pagdfrow(...)
29. │ └─base::data.frame(...)
30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-rspt01.R:123:3'): rspt01 works if change confidence interval ───
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-rspt01.R:123:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(...)
14. └─rtables::build_table(lyt, adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::pagdfrow(...)
29. │ └─base::data.frame(...)
30. ├─formatters::nlines(...)
31. └─rtables::nlines(...)
32. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
33. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
34. └─rtables::get_formatted_cells(x)
35. ├─base::matrix(...)
36. ├─base::unlist(...)
37. └─base::Map(...)
38. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
39. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
40. └─rtables::format_rcell(...)
41. └─formatters::format_value(...)
42. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-ttet01.R:4:3'): ttet01 works as expected ───────────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-ttet01.R:4:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. └─chevron::ttet01_main(...)
10. └─rtables::build_table(lyt, anl)
11. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
12. ├─formatters::make_row_df(tt)
13. └─rtables::make_row_df(tt)
14. └─rtables (local) .local(...)
15. ├─formatters::make_row_df(...)
16. └─rtables::make_row_df(...)
17. └─rtables (local) .local(...)
18. ├─formatters::make_row_df(...)
19. └─rtables::make_row_df(...)
20. └─rtables (local) .local(...)
21. ├─formatters::pagdfrow(...)
22. │ └─base::data.frame(...)
23. ├─formatters::nlines(...)
24. └─rtables::nlines(...)
25. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
26. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
27. └─rtables::get_formatted_cells(x)
28. ├─base::matrix(...)
29. ├─base::unlist(...)
30. └─base::Map(...)
31. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
32. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
33. └─rtables::format_rcell(...)
34. └─formatters::format_value(...)
35. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-ttet01.R:28:3'): ttet01 works as expected for stratified and unstratified analysis ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-ttet01.R:28:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(...)
14. └─rtables::build_table(lyt, anl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-ttet01.R:50:3'): ttet01 works as expected for stratified analysis only ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-ttet01.R:50:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(...)
14. └─rtables::build_table(lyt, anl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-ttet01.R:73:3'): ttet01 works if change reference group ────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(...) at test-ttet01.R:73:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(...)
10. ├─chevron::run(...)
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(...)
14. └─rtables::build_table(lyt, anl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::pagdfrow(...)
26. │ └─base::data.frame(...)
27. ├─formatters::nlines(...)
28. └─rtables::nlines(...)
29. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
30. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
31. └─rtables::get_formatted_cells(x)
32. ├─base::matrix(...)
33. ├─base::unlist(...)
34. └─base::Map(...)
35. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
36. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
37. └─rtables::format_rcell(...)
38. └─formatters::format_value(...)
39. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-utils.R:76:1'): (code run outside of `test_that()`) ────────────
Error in `h(simpleError(msg, call))`: error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'toString': 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_snapshot(res1) at test-utils.R:76:1
2. │ └─testthat:::expect_snapshot_(...)
3. │ ├─testthat:::with_is_snapshotting(...)
4. │ └─testthat:::verify_exec(quo_get_expr(x), quo_get_env(x), replay)
5. │ └─evaluate::evaluate(source, envir = env, new_device = FALSE, output_handler = handler)
6. │ ├─base::withRestarts(...)
7. │ │ └─base (local) withRestartList(expr, restarts)
8. │ │ ├─base (local) withOneRestart(withRestartList(expr, restarts[-nr]), restarts[[nr]])
9. │ │ │ └─base (local) doWithOneRestart(return(expr), restart)
10. │ │ └─base (local) withRestartList(expr, restarts[-nr])
11. │ │ └─base (local) withOneRestart(expr, restarts[[1L]])
12. │ │ └─base (local) doWithOneRestart(return(expr), restart)
13. │ ├─evaluate:::with_handlers(...)
14. │ │ ├─base::eval(call)
15. │ │ │ └─base::eval(call)
16. │ │ └─base::withCallingHandlers(...)
17. │ └─watcher$print_value(ev$value, ev$visible, envir)
18. │ ├─base::withVisible(handle_value(handler, value, visible, envir))
19. │ └─evaluate:::handle_value(handler, value, visible, envir)
20. │ ├─handler$value(value)
21. │ └─testthat:::testthat_print.default(value)
22. │ ├─base::print(x)
23. │ └─base::print.default(x)
24. │ ├─methods (local) `<stndrdGn>`(`<ElmntryT[,4]>`)
25. │ └─rtables (local) `<stndrdGn>`(`<ElmntryT[,4]>`)
26. │ ├─base::cat(toString(object))
27. │ ├─base::toString(object)
28. │ └─rtables::toString(object)
29. │ └─rtables (local) .local(x, ...)
30. │ ├─base::toString(...)
31. │ ├─formatters::matrix_form(...)
32. │ └─rtables::matrix_form(...)
33. │ └─rtables:::.tbl_header_mat(obj)
34. │ ├─base::matrix(...)
35. │ └─base::rapply(...)
36. │ └─rtables (local) `<fn>`(X, ...)
37. │ ├─rtables::get_formatted_cells(x)
38. │ └─rtables::get_formatted_cells(x)
39. │ ├─base::matrix(...)
40. │ ├─base::unlist(...)
41. │ └─base::Map(...)
42. │ └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
43. │ └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
44. │ └─rtables::format_rcell(...)
45. │ └─formatters::format_value(...)
46. │ └─base::match.arg(round_type)
47. │ └─base::stop(gettextf("'%s' must be of length 1", "arg"), domain = NA)
48. └─base::.handleSimpleError(...)
49. └─base (local) h(simpleError(msg, call))
── Error ('test-vst01.R:9:3'): vst01 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::vst01_main(pre_data) at test-vst01.R:9:3
2. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::make_row_df(...)
17. └─rtables::make_row_df(...)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::pagdfrow(...)
23. │ └─base::data.frame(...)
24. ├─formatters::nlines(...)
25. └─rtables::nlines(...)
26. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
27. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
28. └─rtables::get_formatted_cells(x)
29. ├─base::matrix(...)
30. ├─base::unlist(...)
31. └─base::Map(...)
32. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
33. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
34. └─rtables::format_rcell(...)
35. └─formatters::format_value(...)
36. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-vst01.R:22:3'): run vst01 works as expected ────────────────────
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. ├─testthat::expect_silent(run(vst01, proc_data, precision = list(default = 0))) at test-vst01.R:22:3
2. │ └─testthat:::quasi_capture(enquo(object), NULL, evaluate_promise)
3. │ ├─testthat (local) .capture(...)
4. │ │ ├─withr::with_output_sink(...)
5. │ │ │ └─base::force(code)
6. │ │ ├─base::withCallingHandlers(...)
7. │ │ └─base::withVisible(code)
8. │ └─rlang::eval_bare(quo_get_expr(.quo), quo_get_env(.quo))
9. ├─chevron::run(vst01, proc_data, precision = list(default = 0))
10. ├─chevron::run(vst01, proc_data, precision = list(default = 0))
11. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
12. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
13. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db, precision = precision)
14. └─rtables::build_table(lyt, df = adam_db[[dataset]], alt_counts_df = adam_db$adsl)
15. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
16. ├─formatters::make_row_df(tt)
17. └─rtables::make_row_df(tt)
18. └─rtables (local) .local(...)
19. ├─formatters::make_row_df(...)
20. └─rtables::make_row_df(...)
21. └─rtables (local) .local(...)
22. ├─formatters::make_row_df(...)
23. └─rtables::make_row_df(...)
24. └─rtables (local) .local(...)
25. ├─formatters::make_row_df(...)
26. └─rtables::make_row_df(...)
27. └─rtables (local) .local(...)
28. ├─formatters::make_row_df(...)
29. └─rtables::make_row_df(...)
30. └─rtables (local) .local(...)
31. ├─formatters::make_row_df(...)
32. └─rtables::make_row_df(...)
33. └─rtables (local) .local(...)
34. ├─formatters::pagdfrow(...)
35. │ └─base::data.frame(...)
36. ├─formatters::nlines(...)
37. └─rtables::nlines(...)
38. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
39. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
40. └─rtables::get_formatted_cells(x)
41. ├─base::matrix(...)
42. ├─base::unlist(...)
43. └─base::Map(...)
44. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
45. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
46. └─rtables::format_rcell(...)
47. └─formatters::format_value(...)
48. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-vst02.R:5:3'): vst02 functions with default argument value return expected result with test data ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::vst02_1_main(pre_data) at test-vst02.R:5:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$advs, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::pagdfrow(...)
17. │ └─base::data.frame(...)
18. ├─formatters::nlines(...)
19. └─rtables::nlines(...)
20. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
21. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
22. └─rtables::get_formatted_cells(x)
23. ├─base::matrix(...)
24. ├─base::unlist(...)
25. └─base::Map(...)
26. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
27. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
28. └─rtables::format_rcell(...)
29. └─formatters::format_value(...)
30. └─base::match.arg(round_type)
── Error ('test-vst02.R:13:3'): vst02 functions return expected result with test data when excluding subject with baseline abnormality ──
Error in `match.arg(round_type)`: 'arg' must be of length 1
Backtrace:
▆
1. └─chevron::vst02_2_main(pre_data) at test-vst02.R:13:3
2. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$advs, alt_counts_df = adam_db$adsl)
3. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
4. ├─formatters::make_row_df(tt)
5. └─rtables::make_row_df(tt)
6. └─rtables (local) .local(...)
7. ├─formatters::make_row_df(...)
8. └─rtables::make_row_df(...)
9. └─rtables (local) .local(...)
10. ├─formatters::make_row_df(...)
11. └─rtables::make_row_df(...)
12. └─rtables (local) .local(...)
13. ├─formatters::make_row_df(...)
14. └─rtables::make_row_df(...)
15. └─rtables (local) .local(...)
16. ├─formatters::pagdfrow(...)
17. │ └─base::data.frame(...)
18. ├─formatters::nlines(...)
19. └─rtables::nlines(...)
20. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
21. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
22. └─rtables::get_formatted_cells(x)
23. ├─base::matrix(...)
24. ├─base::unlist(...)
25. └─base::Map(...)
26. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
27. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
28. └─rtables::format_rcell(...)
29. └─formatters::format_value(...)
30. └─base::match.arg(round_type)
[ FAIL 198 | WARN 0 | SKIP 10 | PASS 208 ]
Deleting unused snapshots: 'mng01/mng01-with-custom-theme.svg',
'mng01/mng01-with-default-value.new.svg', 'mng01/mng01-with-default-value.svg',
'mng01/run-mng01-with-combination-of-x-variables.svg',
'mng01/run-mng01-with-custom-color-set.svg',
'mng01/run-mng01-with-custom-line-type-set.svg',
'mng01/run-mng01-with-custom-unnamed-color-set.svg',
'mng01/run-mng01-with-custom-unnamed-line-type-set.svg',
'mng01/run-mng01-with-jitter.svg', and
'mng01/run-mng01-with-numeric-x-variables.svg'
Error:
! Test failures.
Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-fedora-clang
Version: 0.2.12
Check: re-building of vignette outputs
Result: ERROR
Error(s) in re-building vignettes:
--- re-building ‘chevron.Rmd’ using rmarkdown
Quitting from chevron.Rmd:84-86 [unnamed-chunk-3]
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
<error/rlang_error>
Error in `match.arg()`:
! 'arg' must be of length 1
---
Backtrace:
▆
1. ├─chevron::run(aet02, syn_data)
2. ├─chevron::run(aet02, syn_data)
3. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
4. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
5. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
6. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adae, alt_counts_df = adam_db$adsl)
7. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
8. ├─formatters::make_row_df(tt)
9. └─rtables::make_row_df(tt)
10. └─rtables (local) .local(...)
11. ├─formatters::make_row_df(...)
12. └─rtables::make_row_df(...)
13. └─rtables (local) .local(...)
14. ├─formatters::make_row_df(...)
15. └─rtables::make_row_df(...)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::pagdfrow(...)
18. │ └─base::data.frame(...)
19. ├─formatters::nlines(...)
20. └─rtables::nlines(...)
21. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
22. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
23. └─rtables::get_formatted_cells(x)
24. ├─base::matrix(...)
25. ├─base::unlist(...)
26. └─base::Map(...)
27. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
28. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
29. └─rtables::format_rcell(...)
30. └─formatters::format_value(...)
31. └─base::match.arg(round_type)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Error: processing vignette 'chevron.Rmd' failed with diagnostics:
'arg' must be of length 1
--- failed re-building ‘chevron.Rmd’
--- re-building ‘chevron_catalog.rmd’ using rmarkdown
Quitting from chevron_catalog.rmd:64-67 [unnamed-chunk-5]
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
<error/rlang_error>
Error in `match.arg()`:
! 'arg' must be of length 1
---
Backtrace:
▆
1. ├─chevron::run(dmt01, proc_data)
2. ├─chevron::run(dmt01, proc_data)
3. │ └─chevron:::do_call(object@main, c(proc_data, user_args))
4. │ └─base::do.call(what, new_args, envir = args_env)
5. └─chevron (local) `<fn>`(adam_db = adam_db)
6. └─rtables::build_table(lyt, adam_db$adsl)
7. └─rtables::update_ref_indexing(tab)
8. ├─formatters::make_row_df(tt)
9. └─rtables::make_row_df(tt)
10. └─rtables (local) .local(...)
11. ├─formatters::make_row_df(...)
12. └─rtables::make_row_df(...)
13. └─rtables (local) .local(...)
14. ├─formatters::make_row_df(...)
15. └─rtables::make_row_df(...)
16. └─rtables (local) .local(...)
17. ├─formatters::pagdfrow(...)
18. │ └─base::data.frame(...)
19. ├─formatters::nlines(...)
20. └─rtables::nlines(...)
21. ├─base::as.vector(get_formatted_cells(x))
22. ├─rtables::get_formatted_cells(x)
23. └─rtables::get_formatted_cells(x)
24. ├─base::matrix(...)
25. ├─base::unlist(...)
26. └─base::Map(...)
27. └─base::mapply(FUN = f, ..., SIMPLIFY = FALSE)
28. └─rtables (local) `<fn>`(val = dots[[1L]][[1L]], spn = dots[[2L]][[1L]], shelli = dots[[3L]][[1L]])
29. └─rtables::format_rcell(...)
30. └─formatters::format_value(...)
31. └─base::match.arg(round_type)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Error: processing vignette 'chevron_catalog.rmd' failed with diagnostics:
'arg' must be of length 1
--- failed re-building ‘chevron_catalog.rmd’
--- re-building ‘script_generator.Rmd’ using rmarkdown
[WARNING] Deprecated: --highlight-style. Use --syntax-highlighting instead.
--- finished re-building ‘script_generator.Rmd’
SUMMARY: processing the following files failed:
‘chevron.Rmd’ ‘chevron_catalog.rmd’
Error: Vignette re-building failed.
Execution halted
Flavor: r-devel-linux-x86_64-fedora-clang